民猪是我国三大优质地方猪种之一,其抗寒性好、抗逆性强、肉质优良,是珍贵的畜禽资源,但由于受到国外引进商业化猪种的冲击,其种群数量锐减。自1970年对民猪进行保护以来,经过50多年的保种历程,民猪保种群的群体规模已达到400余头。保种效果虽初见成效,但始终未对其进行全面的遗传评估,民猪保种群的遗传多样性水平尚不清楚,且当前也无从知晓保种过程中人工记录系谱的准确性,而系谱记录又是明确种群个体间的亲缘关系,指导选育的重要依据,若系谱信息存在缺失或错误等问题,则会对育种的实践过程造成严重影响。上述问题将会严重制约民猪发挥其应有的育种价值。鉴于此,本研究为明确民猪保种群当前的保护现状及其群体结构特征,构建更加清晰准确的分子家系,解决当前民猪保种群存在的现实问题而开展实验研究。本研究利用筛选的22个适用于民猪的高多态性微卫星位点,分析了民猪保种群当前的遗传多样性水平,并对未来百年遗传多样性的变化趋势进行了预测;同时,依据亲权鉴定和亲缘系数相结合的方法,构建了民猪保种群的7个分子家系。本研究对揭示民猪保种群的保种效果、纠正保种群系谱中的潜在错误,以及提出科学化的遗传管理建议并提高保种群的保护效果,具有实际的应用价值和现实意义。本研究的主要结果如下:1、根据联合国粮农组织（FAO）与国际动物遗传协会（ISAG）联合推荐的家猪微卫星标记选取37个多态性好、无连锁关系、且位于不同染色体的微卫星位点。在此基础上重新设计引物,优化PCR扩增条件,最终筛选出22个适用于民猪的具有良好PCR扩增特异性和多态性的位点,进行遗传多样性评估、预测以及亲权鉴定和分子家系的构建。2、对民猪保种群104头样本（雄性31头,雌性73头）的22个微卫星位点数据进行分析,结果表明,在22个微卫星位点中共检测出141个等位基因,各位点的平均等位基因数为6.4个;有效等位基因数的范围在1.292～5.817之间;平均期望杂合度为0.665,范围在0.227～0.832之间;平均观测杂合度为0.604,范围在0～0.923之间;各位点的平均多态信息含量为0.613,范围在0.213～0.806之间,表明位点的多态性较高;平均近交系数为0.079,范围在-0.1804～0.9994间,表明群体存在一定程度的近交;S0228等6个位点偏离Hard-Weinberg动态平衡（P＜0.05）,说明各位点存在一定程度的杂合子缺失;Shannon信息指数的范围在0.8～1.906之间,其平均值为1.305,与其它地方猪种相比,民猪保种群具有相对较高的遗传多样性水平。3、保种群各家系的遗传多样性分析结果显示,7个家系的平均等位基因数为4.195,平均有效等位基因数为2.834,平均Shannon信息指数为1.216,平均期望杂合度为0.621。其中,5号家系具有各项参数的最低值（Na=3.455,Ne=2.477,I=0.973,He=0.581）,4号家系具有各项参数的最高值（Na=5.54,Ne=3.223,I=1.278,He=0.655）;7个家系的平均观测杂合度为0.608,其中,1号家系最低（Ho=0.573）,2号家系最高（Ho=0.646）;此外,1、2、4、6及7号家系的平均期望杂合度均高于观测杂合度,且近交系数明显高于3号和5号家系,说明上述5个家系存在一定程度的近亲交配过程,导致其出现杂合子缺失现象,民猪保种群体存在潜在的遗传衰退风险。4、对民猪保种群未来百年遗传多样性变化趋势进行模拟预测,结果表明,民猪保种群的等位基因数在百年后降低了14.47%,保留率为85.53%;观测杂合度降低了5.02%,保留率为94.98%。这说明当前保种群的规模虽然已经可以较好地遏制遗传多样性下降,但仍需进一步提高其保种效果。为了提高等位基因数的保留率,结合聚类分析结果,建议在后续的育种过程中,尽可能将4、6、7号家系与3号家系的公母畜,1、2号家系与5号家系的公母畜更多的进行轮换式交配育种,尽最大可能减缓近交系数的增长速率,进一步提高民猪保种群的保护效果。5、对民猪保种群个体进行亲权鉴定的分析结果显示:22个微卫星位点的累积排除概率达到99.99%,满足亲权鉴定的要求。在亲权鉴定设置95%置信度水平条件下,所有子代均可以匹配到相应的父母本;结合SPAGe Di V1.5软件计算出的个体间亲缘系数结果,成功构建了保种群的7个分子家系系谱,发现M39（原6号家系成员）和M46（原7号家系成员）公猪个体的家系信息错误,并及时进行了更正。此外,根据GENECLASS V2.0软件计算出个体的最大遗传分配概率,对每个家系的成员进行分配验证,最终,各家系成员的匹配率达到100%,说明该分子家系结果具有较高的可靠性。