自20世纪八十年代我国确立发展高技术产业战略以来，国家加大了对高技术产业的投入力度和政策扶持力度，我国的高技术产业也得到了快速的发展。到目前为止，我国高技术产业的总产值已稳居世界前列。然而，一味的靠增加投入和政策扶持来维持我国高技术产业的发展不是长久之计，也不是明智之举，投入产出的绩效问题更加的关键。由于高技术产业是R&D活动集中地，因此，R&D绩效的高低对高技术产业的发展也就显得异常重要了。本文在国内外学者研究成果的基础上，利用随机前沿方法，通过选取2000-2009年间我国26个省（市）的高技术产业的面板数据，分别以专利申请数和新产品销售收入为产出建立了超越对数形式的R&D中间模型和R&D最终模型，然后对我国各省（市）高技术产业的R&D绩效及其影响因素进行了研究，得出的主要结论如下：（1）从整体上来看，不论是考虑了影响因素还是不考虑影响因素，我国高技术产业的R&D绩效都不高，R&D中间绩效维持在0.4左右，而R&D最终绩效仅仅为0.25左右，这也说明我国高技术产业R&D绩效存在着很大的提升空间；从变化趋势看，R&D中间绩效随着时间呈增加趋势，而R&D最终绩效基本维持在同一水平；从区域来看，我国高技术产业的R&D绩效呈现明显的东高，中西部低的趋势。（2）从无效率项的影响因素看，政府的投入和R&D强度并没有如预期一样对R&D绩效起正向的作用，反而产生了负面的影响，这也说明了一味加大资金的投入对我国高技术产业的R&D并没有起到多大的作用，在今后的投入时应更加注重投入的质量和投入的结构，同时应加强对资金流入方向和使用情况的监督；企业规模和市场结构变量对R&D绩效起到了正面的影响，也就是说应该适当鼓励各企业通过兼并或重组等手段壮大自身规模，以解决技术层面的联合攻关问题，同时应该创造竞争的市场环境，鼓励各企业的竞争，以提高R&D绩效。最后，根据研究结论，针对我国的具体情况提出了相应的政策建议。