基于PCR结合MALDI-TOF MS技术检测胶质瘤IDH突变的研究

来源 :大连工业大学 | 被引量 : 1次 | 上传用户:luke_lemon
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肿瘤与癌症已是当今医学与生物学领域研究的热点。现代分子生物学表明,肿瘤的发生和发展,本质原因是基因水平发生了一定程度的改变,而这种改变是可预见及识别的。患者通过早期检测、患病时及时诊断分型,都会对肿瘤的预防和治疗带来积极有效的帮助。目前检测基因突变的“金标准”是直接测序的方法,而其在面对临床高通量样品时显示出了不足。本论文针对上述瓶颈问题,发展了基于PCR技术结合MALDI-TOF质谱联用的分析检测手段,可对胶质瘤病理组织中IDH基因突变位点快速识别。具体内容如下:1)通过体外培养野生型胶质瘤细胞系(U87MG)并收集其基因组DNA,经过基因扩增,限制酶酶切等步骤进行样品前处理,最后运用MALDI-TOF质谱分析,构建IDH基因突变的检测技术。经方法优化,其结果显示,分子量在2,700-6,600 Da内的核酸片段可以被质谱检测,信噪比及分辨精度都满足检测需求。U87MG细胞系中IDH1 R132基因位点,IDH2 R140及IDH2 R172这三个基因位点均未发生突变,结果与资料报道相一致,证实方法的可靠性。2)通过ESI-Orbitrap质谱及基因测序方式对以上建立的方法进行补充验证,结果发现ESI源质谱会使样品核酸带有多电荷,经计算其结果与MALDI-TOF质谱结果相一致。测序的结果能够直观的看出基因突变的与否,与MALDI-TOF质谱得出的结果可间接进行比较,与资料中的序列信息相一致,以上两种方法都验证MALDI-TOF质谱方法的可行性。3)收集102例脑肿瘤病人脑组织样本,运用本研究构建的方法对样品进行分析检测。结果表明,在74例脑胶质瘤样品中IDH1基因发生突变的病例有33例,突变几率为45%,并且IDH1 R132H型基因突变占总突变的97%,IDH2基因位点突变在这批样品中没有发现。在收集到的其他脑肿瘤中并没有发现有关IDH基因突变的情况。本论文建立的基因突变检测技术经过方法验证及临床样本实践,证明其可以检测已知的核酸序列中单核苷酸突变的情况。这种技术不仅可以检测样品中IDH基因突变与否,只要按目标基因的序列信息设计PCR引物,亦可用于其他基因的诊断研究。同时该技术可应用于细胞水平上的基因研究,也可以用于组织水平上的基因研究,尤其适用于高通量的临床样本。
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