自2002年首次提出县域经济的概念以来，县域经济得以高速发展，越来越受到各方的重视。但目前县域经济发展过程中仍然面临着许多的问题和矛盾，最突出的是产业发展落后的问题。近年来国家先后出台了七大战略新兴产业发展规划和十大产业发展规划等指导性纲要，表明中央对产业发展和结构优化的重视。产业既要快速发展，也要协同发展。本文在这样背景下，从理论和实证两个方面对县域经济发展中的产业协同问题进行了研究。本文首先在对以往文献进行归纳总结的基础上，对县域经济产业协同发展的内涵和机制进归纳和分析，并运用协同学的基本原理，将产业经济系统看成一个大的有机整体系统，分别把第一产业、第二产业和第三产业看成整体系统中的子系统，选取代表性的评价指标，构建一二、一三、二三产业复合系统的协同度测量模型和整个县域产业大系统协同度测量模型，运用分析县域各产业在发展过程中的协同程度；并根据分析出的协同度，运用灰色关联模型，计算出每个评价指标和协同度的关联度，根据计算结果进行排序，找出影响县域产业经济系统协同度的主要因素。然后对县域经济发展概况和产业结构调整优化的现状进行对比分析，结果表明县域经济发展过程中存在产业结构落后，产业协同联动效应差的问题。其次采取案例分析的方法，对浙江省长兴县和四川省双流县的县域内三次产业发展的现状进行实证分析。实证结果表明，长兴县产业发展处于低度协同，投资结构不合理，农业发展不平衡和第三产业主导产业弱势地位是影响的主要因素；双流县产业发展处于低度协同，规模以上工业基础不牢，第三产业支撑作用较差是影响的主要因素。分析的最终目的是从主要影响因素分析中寻找政策依据，期望能为当地政府寻找到推动产业协同发展的切入点。通过归纳总结，提出长兴县应该坚持“湖州模式”，强化金融支持和对外开放等政策建议，双流县应该坚持“双流模式”，推进产业集聚，加速发展第三产业等政策建议。