供体细胞RNA m6A修饰水平对猪核移植胚胎发育能力影响的分子机制研究

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供体细胞的分化状态和表观遗传修饰模式是影响体细胞核移植(SCNT)胚胎发育的重要因素之一。RNA m6A修饰是真核生物m RNA上最丰富的碱基修饰之一,大量研究证明m6A修饰通过调控m RNA稳定、降解、转运可变剪切和翻译等过程,进而参与动物配子发生、早期胚胎发育及疾病发生发展。然而,不同类型供体细胞的RNA m6A修饰状态是否存在差异,供体细胞RNA m6A修饰水平是否会影响猪SCNT胚胎发育,相关的分子机制尚未完全阐明。本研究通过免疫荧光染色和Me RIP-seq等技术比较了不同类型供体细胞的RNA m6A修饰水平,并通过荧光素酶实验、点突变实验、Ch IP实验和体外甲基化实验等手段揭示了供体细胞启动子区域DNA甲基化水平影响转录因子SP1与METTL14的结合进而影响RNA m6A修饰水平的机制。通过在供体细胞中过表达和敲低RNA m6A甲基转移酶METTL14,揭示了供体细胞RNA m6A修饰水平对SCNT胚胎发育能力的影响。最后,联合单细胞转录组测序等技术,筛选到一个候选基因TOP2B,它以m6A依赖性方式引起猪SCNT胚胎中的DNA损伤,为研究RNA m6A修饰对猪SCNT胚胎发育调控的分子机制提供了新线索。主要研究结果如下:1.不同类型供体细胞RNA m6A水平对核移植胚胎发育能力的影响本研究以猪骨髓间充质干细胞(p BMSCs)和猪胎儿成纤维细胞(p EFs)为供体细胞进行细胞核移植研究。我们首先检测了不同类型供体细胞的RNA m6A水平,结果显示p BMSCs的RNA m6A水平显著高于p EFs。q PCR和WB结果表明,p BMSCs中RNA m6A相关酶表达水平也显著高于p EFs。然后,我们通过Me RIP-seq技术检测了不同供体细胞全转录组RNA m6A修饰水平,发现不同类型供体细胞RNA修饰存在明显差异。与p EFs相比,相当一部分m RNA的m6A修饰水平在p BMSCs中升高,差异m6A修饰基因主要富集在核糖体加工和细胞复制等通路,且大部分基因RNA甲基化与基因表达呈正相关。接着,通过体细胞核移植技术构建克隆胚胎,比较了不同供体细胞来源的SCNT胚胎发育效率,结果表明,相比p EFs,以p BMSCs为供体细胞的SCNT胚胎具有更高的RNA m6A修饰水平和胚胎发育能力。2.启动子区域DNA甲基化通过转录因子SP1调控供体细胞RNA m6A修饰水平为研究导致不同类型供体细胞RNA m6A修饰水平差异的原因,我们通过BSP实验分析了不同类型供体细胞中RNA甲基化酶METTL14的启动子区域DNA甲基化水平。结果表明,相比于p EFs,在p BMSCs中METTL14启动子区域DNA甲基化水平较低。通过核心启动子区域鉴定、转录因子点突变和Ch IP实验证明,转录因子SP1直接结合在METTL14启动子区域。接着通过体外甲基化实验、DNA甲基化酶抑制剂,SP1抑制剂和SP1过表达处理供体细胞,证实了DNA甲基化可抑制转录因子SP1结合METTL14随后影响其RNA m6A修饰水平,供体细胞经DNA甲基化抑制剂RG108处理后能够在降低供体细胞DNA甲基化水平的同时升高RNA m6A修饰水平,本研究结果为进一步阐明DNA甲基化与RNA甲基化之间调控关系提供了实验依据。3.改变供体细胞RNA m6A修饰水平影响核移植胚胎发育的分子机制为了进一步研究供体细胞RNA m6A修饰水平是否影响猪SCNT胚胎发育,通过构建METTL14过表达及干扰的慢病毒载体,分别感染p EFs和p BMSCs以改变供体细胞中的RNA m6A修饰水平。结果表明,改变METTL14表达能够影响供体细胞RNA m6A修饰水平。通过体细胞核移植技术构建克隆胚胎,研究了改变RNA m6A修饰水平对SCNT胚胎发育的影响。结果表明,改变供体细胞RNA m6A修饰水平同样影响不同发育阶段SCNT胚胎的m6A修饰水平,单细胞转录组测序表明,主要影响代谢通路、核糖体生物合成、剪切体、RNA降解和蛋白转运等信号通路。通过半衰期检测,双荧光素酶实验,SELECT方法及挽救实验胞质注射TOP2B干扰RNA等手段,揭示m6A修饰可通过改变TOP2B m RNA稳定性和蛋白表达引起DNA损伤,进而影响SCNT胚胎发育的分子机制。
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