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miRNA是生物体内长约22nt的一种内源性RNA，调节哺乳动物60％基因。miRNA通过与靶基因3端非翻译区(UTR)结合，导致靶mRNA的降解或抑制翻译。近年来有关猪miRNA的研究发展迅速，但miRNA在猪肌肉、脂肪组织和垂体组织的功能有待阐释，其中不同品种猪之间肌肉脂肪miRNA表达差异的研究尤为迫切。 首先，为挖掘垂体中miRNA，本试验提取蓝塘猪垂体组织总RNA，分别进行Solexa测序和锁核酸(LNA)芯片杂交，对垂体组织miRNA的表达谱进行分析，共获得450条垂体表达的miRNA，包括12条新猪特异表达miRNA，其中3条miRNA已通过Northernblot验证；169个保守miRNA。比较分析Solexa测序、芯片及qRT-PCR三种挖掘miRNA的方法，发现芯片与qRT-PCR、芯片与Solexa测序结果之间的相关性高，分别为R=0.78和R=0.80，而qRT-PCR与Solexa测序结果之间的相关性低，仅为R=0.64，表明挖掘新miRNASolexa测序更具明显的潜在优势，而芯片在miRNA定量方面更为准确。对相对高表达的10条miRNA进行靶基因预测，并通过KEGG分析其靶基因所富集通路，表明miRNA参与生长发育，激素调控通路。可为miRNA调节猪甚至所有哺乳动物的垂体发育及功能提供理论依据。 其次，为挖掘及比较不同猪品种肌肉和脂肪miRNA之间的差异，选用长白猪和蓝塘猪(广东地方猪品种)作为研究对象，进行肌肉与脂肪Solexa高通量测序、芯片杂交表达谱分析和qRT-PCR结果验证。miRbase17.0测序结果比对表明，获得11条未报导的猪miRNA及个新84条候选猪特异miRNA基因。聚类分析芯片结果发现miRNA在猪品种之间的表达相似，四个文库相对高表达量的20条miRNAs，肌肉之间的一致性为90％，脂肪之间为70％。比较分析品种间肌肉与脂肪、品种内肌肉与脂肪之间的miRNA差异表达，发现蓝塘与长白猪脂肪组织分别存在39条miRNA上调，其中19条miRNA相同；肌肉组织中分别有33和26条miRNA上调，其中11条miRNA相同。对两个品种肌肉或脂肪共同差异表达量高的10条miRNA进行KEGG通路分析，结果显示miRNA参与肌肉生成、脂肪生成及代谢，这为miRNA调节肌肉与脂肪的发育、肉品质研究奠定了理论基础。 第三，蓝塘猪的肌肉和脂肪中miR-181a的表达比长白猪高，推测miR-181a可能参与调节皮下脂肪及肌间脂肪的形成。利用生物信息学分析发现其潜在的靶基因可能为TNF-α；此外，亦发现TNF-α的表达可能同时受到其它几种miRNAs的调控。因此，本研究通过构建PGL3-TNF-α3UTR质粒及其突变质粒PGL3-TNF-α3UTR-muta，利用荧光素酶报告基因对miR-181a等参与调控TNF-α表达进行验证。结果表明miR-19a，miR-124，miR-130a和miR-181a与TNF-α之间存在靶对应关系(P<0.05或P<0.01)。在TNF-α表达较为丰富的细胞系Hela细胞中分别过表达miR-124，miR-130a和miR-181a，Westernblot检测细胞内源TNF-α蛋白含量，发现miR-130a和miR-181a能抑制细胞中TNF-α翻译。培养猪皮下脂肪前体细胞并诱导聚脂，qRT-PCR检测不同诱导天数miR-130a，miR-181a和TNF-α细胞的表达，发现miR-181a和TNF-α之间的表达趋势变化一致。猪脂肪前体细胞中转染miR-181amimics发现其虽然水平与诱导天数呈线性负相关，但第8天时，miR-181a的表达仍极显著高于对照组(P<0.01)，而转染miR-181ainhibitor细胞miR-181a水平显著低于对照组(P<0.01)。在猪皮下脂肪前体细胞中过表达miR-181a，发现内源TNF-α翻译受到抑制，细胞脂滴数量增加，甘油三酯含量升高(P<0.05)。受TNF-α抑制的基因LPL、PPARγ、adiponectin、FASN、GLUT1、GLUT4、PDE3B、ATGL及HSL的表达均显著上调(P<0.05或P<0.01)，而miR-181ainhibitor则使上述基因均显著下调(P<0.05或P<0.01)。猪脂肪前体细胞中过表达miR-130a结果与miR-181a相反，细胞脂滴数量减少，TG含量下降，并受TNF-α抑制的基因LPL、PPARγ、adiponectin、FASN、GLUT1、GLUT4和PDE3B的表达均显著下调(P<0.01)。miR-181a与TNF-α3UTR之间存在靶对应关系，能通过抑制TNF-α的翻译促进PPARγ的表达，从而促进猪皮下脂肪细胞的分化。 综上所述，本研究通过全面挖掘猪垂体、肌肉及脂肪中表达的miRNA，比较分析肥胖型与瘦肉型猪肌肉与脂肪miRNA表达的差异，并验证差异表达基因miR-181a通过TNF-α抑制脂肪分化，旨在揭示垂体生长调控和脂肪调控的新机制，为我国地方猪品种的肉质形成提供理论依据。