民办二级学院是我国高等教育发展中出现的新的教育组织形式，各界对其产生和发展有肯定有质疑，分歧较大。本文尝试运用新制度经济学的制度变迁理论和交易费用分析框架对民办二级学院产生原因、产权结构特征和运行的交易费用进行剖析，从而解释民办二级学院存在的合理性及其效率所在。 民办二级学院是公立高等学校与其他生产要素所有者为生产相互同意的教育服务而把自有资源组合在一起，根据各自比较优势进行分工并约定按各自投入生产资源比例分享收益的一种合约。合约的形成包括主体之间以某种形式相互部分转让产权，实现投资举办者与办学管理者的适当分离，这是教育制度创新的集中体现，是民办二级学院生机与活力的源泉。民办二级学院的产生，概括地说是因为许多外在性变化促成了高等教育市场潜在利润的形成，但各种办学主体无法在原有制度安排内获得这些潜在利润，制度创新成为必然选择。 民办二级学院拥有与其他教育组织不同的产权结构。这是民办二级学院与其他教育组织相区别的根本标志。这一产权结构将各生产要素所有者的比较优势结合了起来，使各方合作成为可能。民办二级学院以其产权结构优势节约了高等教育市场各类主体间的交易费用，降低了各类主体之间交易的不确定性和风险，具有比独立民办高等学校和公立高等学校更高的办学效率。