我国人口多耕地少，耕地后备资源不足，维护国家粮食安全，保持社会稳定，始终是我国面临的大问题。为满足我国国民经济发展及未来人口的农产品需求，我国对基本农田实行了更为严格的保护，并专门设立了基本农田保护制度，以期能为农业生产乃至国民经济的持续、稳定、快速发展起到一定的保障作用。我国基本农田保护制度效果的实现是由制度所处的施行环境及其本身的完善程度共同决定的。当前，我国基本农田保护工作的开展，不仅要克服耕地的总量及质量“先天不足”的缺陷，更要面临城镇化及生态建设不断大量占用耕地、基本农田保护补偿机制缺位、法律制度不健全等诸多挑战。通过对我国基本农田保护制度的研究，总结其经验与不足，并针对不足之处，结合发展的新机遇，提出制度完善的合理建议，是本课题研究最主要的目的。本文采取文献研究、比较分析、规范与实证相结合等方法，分五个部分对我国基本农田保护制度进行逐层递进的研究，各部分的主要内容如下：首先导论部分主要介绍了本文的研究背景、目的及意义，并对国内外学者的研究进行概括性总结。接着，在对国内外研究现状总结的基础上阐述了我国基本农田保护制度建立的相关理论，其中对基本农田、耕地、基本农田保护制度等相关概念进行了界定，并具体分析了我国基本农田保护制度产生的理论基础及现实意义。然后，通过对我国基本农田保护制度发展历程及现状的论述，探析我国基本农田保护制度发展的内部推动力及新时期面临的发展新契机，为后续的制度完善提供借鉴和参考。进而，从我国基本农田保护制度运行过程中遇到的难点问题入手，包括城市化对基本农田保护的不利影响、生态建设对基本农田保护的消极作用、基本农田划定标准不明确、相关主体间权利义务关系复杂、补偿机制缺位，以及法律法规不健全六个方面探讨了我国基本农田保护制度面临的困境与挑战。最后，结合前几部分的理论论述，针对我国基本农田保护制度过程中存在的问题及挑战提出了包括修编土地利用总体规划、明确基本农田保护主体及其责任、制定基本农田划定标准、建立基本农田保护补偿机制、健全基本农田保护法律制度等制度完善的建议。