根据相关的调查数据显示,农民工已经成为我国仅次于农民的第二大群体,随着这个群体人数的不断增加,以及我国经济体制改革与社会转型进入一个关键性的阶段,如何解决好农民工问题已经成为了学术界和政治界关注的大问题。目前关于解决农民工问题有三种不同的思路,即一是提高待遇,改善其生存状况,使得农民工继续游离在城市和乡村之间,二是农民工返乡成为农民,三是将农民工转化为市民。虽然第一、第二种思路在一定程度上缓和了农民工问题,但都停留在表面,并没有从根本上解决农民工问题,而第三种思路即实现农民工市民化不仅符合人口转移规律,而且更有利于我国工业化、城市化的健康发展,是解决农民工问题的根本途径。针对农民工市民化这个命题,学术界也已经有不少研究,但大部分研究都集中于从社会学角度研究农民工市民化的涵义、市民化的成本以及阻碍农民工市民化的障碍和对策。本文从新制度经济学的制度变迁理论出发,在论述了农民工市民化的内在动因后,分析市民化过程中其制度变迁主要存在的问题及原因,然后根据制度变迁理论研究了农民工市民化的经济学内在机理,根据前部分的分析得出了农民工市民化制度变迁的方式,以及从中央政府对地方政府的政策取向和政府对企业、市民的政策取向上得到了具体的农民工市民化的政策建议。首先,从我国农民工的生存现状来看,农民工最关心是工资问题,虽然近年来农民工工资有所提升,但总体水平仍然低下,工资拖欠现象严重,从就业的领域来看,脏、苦、累、险的制造业、建筑业仍然是农民工就业比较集中的行业,就业情况不容乐观,而政府对农民工子女的教育以及农民工自身培训方面的制度供给严重不能满足市民化的需求。根据各项调查,农民工特别是新生代农民工市民化的意愿非常强烈,且农民工市民化对于我国国民经济的发展以及和谐社会的建设具有重大意义,同时从国际经验看,促进我国农民工市民化是大势所趋,是必然的选择,促进农民工市民化制度变迁也就成为必然。其次,在总结了农民工市民化相关制度的变迁历程的基础上,分析了我国农民工市民化制度变迁存在四方面的问题,即制度的供需不平衡,正式制度与非正式制度不均衡,正式制度内部以及非正式内部制度不均衡,究其原因,主要是因为制度变迁存在滞后性,制度变迁存在路径依赖以及诱致性变迁不足。文章紧接下来分析了农民工市民化制度之所以发生变迁而且将要继续发生变迁,是因为市民化能够给各主体带来外部潜在的收益,同时制度环境包括经济环境与技术环境的变化也是农民工市民化制度发生变迁的经济学内在机理。最后,在结合前面分析的农民工市民化制度变迁中存在的问题和问题的原因,得出农民工市民化制度变迁方式应该是以渐进式变迁为主,分阶段分层次分地区的实现市民化；应选择以诱致性变迁为主,同时与强制性变迁相结合的方式。给出农民工市民化的具体政策建议,从地方政府、企业和市民三个方面入手,以诱致变迁为主,强制变迁为辅。中央政府应实施积极的政策取向,引导地方政府推进农民工市民化,在总体思想上引导地方政府树立新的公共服务理念,要改变对地方政府的政绩考核标准,不能片面的通过GDP来考量地方政府的绩效,要将农民工的就业、社会保障以及培训等纳入地方政府绩效考核标准之中,在财政政策方面,为了促进农民工市民化的快速发展,政府方面也应有所调整,中央政府应予以支持；同时,政府应采取积极的政策引导企业、市民推进农民工市民化制度变迁,政府要制定相关的法律、政策确保合理提高农民工工资、改善农民工工作环境、鼓励企业对本公司的农民工进行培训,政府也要制定相应的政策保护企业的既得利益；引导市民改变旧的思想和观念,制定相关政策要保证市民的既有利益,同时提高农民工自身的素质。