科研基础条件是为了支持和促进科技创新活动开展所需要的科学实验条件与基础设施，世界各国都非常重视科研基础条件建设，通过加强投入来营造一个有利于全面创新、人才脱颖而出的良好环境，以提升整个国家的创新能力。在我国，农业科研基础条件投资规模已经占农业科研机构总支出的1/4，成为农业科技投入中最重要的组成部分之一，加强该领域研究，对于新时期优化农业科技投入结构、提高农业科技创新能力等具有重要理论和现实意义。本研究运用系统科学、科技创新、公共财政、绩效评价等理论，对农业科研基础条件投资的丰富内涵与加强投入的理论依据进行了充分论述；通过甄选科研基础条件的狭义定义及统计口径，确定《全国农业科技统计资料汇编》为主要数据来源，系统分析了1986—2009年农业部系统内科研机构的科研基础条件投资规模、结构、强度等的变化规律、影响因素及发展趋势；利用专家打分法、生产函数法（线性固定效应模型）及SUR估计方法等，建立了农业科研机构投入产出模型，测算了科研基础条件投资效果系数，进行了因果关系检验及对比验证；结合中国农业科学院案例研究与高校条件投资的比较分析，提出了我国新时期科研基础条件投资的思路框架与政策建议。全文主要结论：一是我国农业科研基础条件投资波动性大、发展不均衡，整体水平的改善主要得益于“十一五”的跨越式发展，即“十一五”前4年投资占近24年总投资的40%以上，投资强度达到0.36。二是与农业科技投入相比，基础条件建设对政府投资依赖性更强，政府投资占83%，受政策影响大、公益性更强，其中基本建设投资是主要资金来源，但所占份额呈下降趋势。三是投资结构不合理、受影响因素多，存在投资流向集中于经济发达地区、未按农业资源布局与科研需求分布，种植业比例偏高（65%）而其它产业偏低、滞后于产业结构调整，部属单位改善最快、地市属单位发展滞后等突出问题。四是基础条件投资效果明显，是科研机构产出能力的单向因果关系，滞后4年时格兰杰检验系数最显著，其中土建投资作用明显（系数为0.39），高于仪器设备投资作用较多（系数为0.12）。五是部属单位的科技产出基本能力最强（系数为11.99），依次是省属（4.71）和地市属（1.28），案例研究也证明了上述观点。六是新时期加强农业科研基础条件投入，必须以提高投资效果为目标，以改进投资结构与方式为重点，建立持续稳定增长的投入机制，着力加强部属单位投入，与农业资源布局及产业发展紧密联系，确定合理比例的投资项目类型等，进而提高我国农业科技创新能力。