DOCK基因家族在肝癌中变异和表达的生物信息学分析

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目的:肿瘤基因组研究揭示了DOCK(Dedicatorof Cytokinesis,胞质分裂贡献者)基因家族成员在肿瘤中有突变和表达异常的现象,但其规律并不十分清楚。本研究采用生物信息学方法分析肿瘤基因组和转录组相关数据,对DOCK基因家族在肝癌样本中的突变和表达情况进行分析。方法:首先利用Mega、Clustal等软件,对7个在进化关系上递进的物种的DOCK家族基因序列进行比对和进化谱系的分析,且对整个基因家族进行定义和分类;其次对肿瘤基因组数据库(TCGA)中DOCK基因家族在多种癌症中的的突变数据进行分析,筛选高频突变基因并推测DOCK基因家族成员的点突变对蛋白二级结构的影响;随后整理基因表达公共数据库(GEO、TCGA)以针对癌症尤其是肝癌为目标的芯片表达谱数据,分析DOCK基因家族及其下游靶基因在癌和癌旁组织中的表达量的差异,并推测DOCK基因家族在肝癌发生发展中的作用。结果:本研究显示了DOCK基因家族在7个物种中的45个成员分类及其进化关系,人类DOCK家族的11个成员在某些基因位点有保守性;其中,DOCK2和DOCK10在多种癌症中存在较高频率的突变;DOCK2在肝细胞癌中突变率最高(6%)而DOCK10在胆管细胞癌中突变频率较高(9%);部分基因家族成员的SH3、DHR-1或DHR-2结构域发生点突变能够导致蛋白二级结构改变;DOCK2和DOCK10蛋白有显著的共表达现象,并且携带DOCK基因突变的肝癌患者生存率降低;DOCK2和DOCKOO在肝癌中的表达量与癌旁相比降低,且二者的下游靶基因CDC42、RAC3PAK2、RAC1等在肝癌中蛋白表达量升高。结论:DOCK基因家族在肿瘤里普遍存在突变和表达异常现象,尤其是在肝癌中,DOCK2和DOCK1O突变频率相对较高而表达量相对较低,这提示二者在肝癌中发挥潜在的抑癌基因作用。
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