在知识经济时代，知识型员工作为科学技术的创造者和使用者，其积极性和创造性的发挥是科研院所这类知识型组织生存、发展和赢得竞争力的关键。本论文以知识型组织、知识型员工、薪酬管理相关理论为基础，以SIO研究所为例，通过文献研究法、实证分析法以及比较研究法等研究方法，分析SIO研究所的薪酬管理状况，找出存在的问题。在全面薪酬管理思想指导下，针对SIO研究所知识型员工工作的需求特点，将薪酬体系与SIO研究所战略目标衔接起来。通过岗位设置和评定，统一了SIO研究所原非盈利性科技体制改革岗位体系和人事部岗位设置两套岗位体系并存的混乱局面。经过对行业的薪酬调查，结合国家局核定的工资总额，重新定位薪酬标准，提高薪酬水平竞争力。用全面薪酬管理丰富SIO研究所的薪酬激励手段，将SIO研究所的薪酬体系分为外在薪酬和内在薪酬（基本工资+岗位技能工资+绩效工资+福利+专项奖励+内在薪酬），加大科研成果在薪酬分配中所占的权重，调整固定薪酬与变动薪酬比例，全方位激励SIO研究所知识型员工。充分调动知识型员工的积极性、主动性和创造性，最终实现吸引和留住人才，培养以智力创造为主的核心竞争力，推进SIO研究所的科研事业科学发展。对相同类型知识型组织有一定的借鉴意义。