鲽形目鱼类(Pleuronectiformes)又称比目鱼,隶属脊椎动物亚门(Vertebrate)、硬骨鱼纲(Osteichthyes),两眼位于头部一侧,另一侧无眼,是唯一一个身体不对称的目,许多鱼类都是重要的海产经济鱼类,该目在整个鱼类中无论从生物学意义还是经济地位都具有非常重要的价值。在鲽形目鱼类中鳎亚目最特化,其中舌鳎亚科特化程度最高,无线鳎亚科、连鳍鳎亚科次之。目前,关于鲽形目鱼类起源和进化问题一直存在着争议,线粒体DNA由于具有许多优点因而被广泛用于鱼类系统进化的研究。　　 本研究测定了21种鳎亚目鱼类,包括鳎科3亚科7属的10种代表鱼类,舌鳎科2亚科3属6亚属的11种代表鱼类,共52个个体的线粒体16SrRNA和COI基因片段序列,并从GenBank下载了半滑舌鳎和塞内加尔鳎两个种的同源序列,分析了这些种类的两基因片段的特点,并基于两基因片段进行了鳎亚目鱼类系统关系的分析。16SrRNA基因片段获得36个单倍型,片段长度从575bp-603bp不等,存在插入和缺失,碱基组成上,A含量最高,G含量最低,A+T含量高于G+C含量,其中舌鳎科的A+T含量(57.4％)高于鳎科A+T含量(52.6％)。COI基因片段获得48个单倍型,片段长度为1458bp,A含量最高,G含量最低,A+T含量高于G+C含量,第三位密码子出现反G偏倚现象。基于16SrRNA和COI基因片段所得的遗传距离显示,在鳎科鱼类中亚科间的遗传距离小于一些属间的遗传距离,而角鳎属与条鳎属间的距离却落在条鳎属内的种间距离范围内；在舌鳎科鱼类中,基于两基因片段的计算遗传距离均显示舌鳎属中的一些亚属间的距离已经达到甚至超过舌鳎亚科中属间的距离。基于两基因片段以牙鲆和星突江鲽为外类群分别构建的贝叶斯和最大似然系统发育树,结果显示各树中黑颊无线鳎代表的无线鳎亚科的分类地位不够稳定,舌鳎亚科单系起源比较一致,鳎科中的连鳍鳎亚科和鳎亚科里面属的聚类和形态学上的分类存有差异。因此,对于鳎亚目的系统发育关系还有待进一步的研究。　　 本研究还测定了角木叶鲽(Pleuronichthys cornutus)的线粒体全序列,该序列全长17469 bp,其基因组包括13蛋白质编码基因、2个rRNA基因、22个tRNA和2个主要非编码区。各基因的排列顺序和一般的脊椎动物共有的的基因次序相同。为了探索鲽形目的起源,选取了与鲽形目起源相关的75种硬骨鱼类线粒体全序列,基于12个蛋白质编码基因(除ND6基因)的密码子第一位和第二位核苷酸序列构建了贝叶斯和最大似然系统发育树,结果显示鲽形目与鲈形目关系最近,推测鲽形目可能起源于鲈形目,不支持鲽形目起源于鳕形目、海鲂目、金眼雕目及鲱形目等鱼类的观点。