红螯螯虾（Cherax quadricarinatus）是非常重要的淡水养殖经济虾类。在虾类繁养过程中,应用分子标记技术有利于加快优质良种的培育,具有广阔的应用前景。本研究基于基因组测序技术开发微卫星标记,并采用微卫星分子标记分析不同群体的遗传多样性,同时构建出微卫星荧光多重PCR体系进行红螯螯虾亲子鉴定。主要研究结果如下:1.为获得红螯螯虾基因组中微卫星的分布情况,采用MISA软件对红螯螯虾基因组不同类型重复微卫星进行了统计,筛选到3235682个微卫星,占基因组总长度的0.96%。数量最多的是二碱基（41.84%）微卫星,其他按顺序依次是三碱基（29.16%）、单碱基（24.28%）、四碱基（2.34%）、五碱基（2.12%）和六碱基（0.25%）。每种碱基的优势微卫星类型分别为单碱基A、二碱基AC、三碱基ACC、四碱基AAAT、五碱基AACCT和六碱基ACAGAG。在红螯螯虾基因组微卫星中,AC、A、AG、ACC、ACT、AAT、C、AGC、AT和AACCT是数量最多的前10种类型。本研究为红螯螯虾基因组微卫星标记开发、红螯螯虾不同群体遗传多样性分析及家系育种管理等工作奠定基础。2.基于基因组测序技术筛选多态性较高的四碱基红螯螯虾微卫星标记,选择24个微卫星标记分析了4个不同群体（广东、台湾、安徽和浙江）的遗传结构,结果表明,在4个红螯螯虾群体中获得的等位基因数量为221个,等位基因数的范围是5-15,其中Cqaa-195的获得的等位基因数量最多（Na=15）,引物Cqaa-124获得的等位基因数量最少（Na=5）。广东和台湾群体的平均等位基因数均为6,安徽与浙江养殖群体的平均等位基因数均为7,广东、台湾、安徽和浙江的平均有效等位基因数分别为3.189、3.243、3.344和3.696。4个群体间的遗传分化指数（Fst）为-0.00234-0.05009。Shannon指数（H）均超过1,广东群体Shannon指数最低,浙江群体最高,且4个群体的Shannon多样性指数从高到低排列依次为浙江（1.510）＞安徽（1.405）＞台湾＞（1.339）＞广东（1.330）,与各群体平均有效等位基因数的结果一致。广东、台湾、安徽和浙江群体的遗传多样性存在差异。3.本试验将获得的多态性四核苷酸微卫星遗传标记与毛细管电泳相结合,通过不断优化退火温度、引物浓度和循环数,获得了5组稳定扩增的多重PCR体系（含20个位点）。利用CERVUS软件分析12个红螯螯虾家系的数据。结果表明,在20个位点中获得等位基因的数量是112个,多态信息含量（PIC）介于0.375-0.788,平均等位基因数为5.6,观测杂合度（Ho）为0.458-0.917,期望杂合度（He）范围在0.435-0.832。本研究使用的20个微卫星标记,平均多态信息含量为0.621,具有较高的多态性,平均观测杂合度为0.762,平均期望杂合度为0.683,随机选取4组PCR体系时,亲子鉴定的准确率均超过97.20%;使用5组体系时,亲子鉴定的准确率可以达到100%,同时采用其他2种亲子分析软件COLONY 2.0和PAPA 2.0验证亲子鉴定的准确性,鉴定结果显示与系谱记录完全一致。因此选用开发的多重PCR体系能够高效快速的获得等位基因信息、准确的系谱信息、减轻工作量和减少成本。