西安周边地区鸽Ⅰ型腺病毒感染情况调查及可视化LAMP检测方法的建立

来源 :西北农林科技大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:xiaomantou_2001_78
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鸽Ⅰ型腺病毒病最早发现于比利时,此后在全世界范围内流行,可引起鸽子嗉囔积食、体重减轻,站立不稳,脱水而死,对我国鸽业养殖健康发展造成了巨大挑战。本研究根据Gen Bank公布的鸽Ⅰ型腺病毒(Pigeon adenovirus type I,PiAdV-Ⅰ)Hexon基因序列,利用Primer 5.0软件设计扩增引物,通过对其反应条件和反应体系进行优化建立了检测PiAdV-Ⅰ的PCR方法,并用建立的PCR方法对陕西地区PiAdV-Ⅰ进行了分子流行病学调查,并测序获得1株PiAdV-Ⅰ全基因组序列(命名为SX19株),获得的序列经遗传进化与同源性分析确定为禽腺病毒A种1型的新成员。在此基础上建立了PiAdV-Ⅰ的可视化LAMP检测方法,并与普通PCR方法进行了临床检验对比。具体试验结果如下:1.根据Gen Bank中已公布PiAdV-Ⅰ的Hexon基因的核酸序列利用Primer 5.0软件设计3对特异性PCR扩增引物以构建PiAdV-Ⅰ的PCR检测方法。分别对3对引物的PCR反应条件和反应体系进行优化,并进行特异性、敏感性、重复性试验验证,最终选取Hexon-3F/3R为本试验PCR检测方法的最终引物。2.用本试验建立的PCR方法对从西安周边地区采集的396份鸽泄殖腔拭子样品进行检测,并测序验证,共检测出PiAdV-Ⅰ阳性样品58份,阳性率为14.6%。从PiAdV-Ⅰ阳性样品中经测序获得1株PiAdV-Ⅰ全基因组序列SX19株,对SX19株全序列及其Hexon基因和Fiber2基因分别进行遗传进化和同源性分析。3.以Gen Bank已公布的Pigeon/PiAdV-Ⅰ/Netherlands/1995株(本文中简称为IDA4株)序列(登录号:FN824512.2)和本试验测序获得的SX19株的Hexon基因序列为参考,利用http://primerexplorer.jp/e/在线软件设计2对LAMP反应引物,通过对其反应条件和反应体系的优化成功建立了反应温度为69℃,反应时间为40 min的PiAdV-Ⅰ可视化LAMP检测方法,并通过特异性试验、敏感性试验和重复性试验证明了此方法能够特异性的检测出PiAdV-Ⅰ,且检测敏感性高达1×10 copies/μL。最后分别用本试验建立的PCR方法和可视化LAMP方法对20份临床样品进行检测,最终PCR方法检测出4份PiAdV-Ⅰ阳性样品,而可视化LAMP方法检测出5份PiAdV-Ⅰ阳性样品,结果证明可视化LAMP检测方法的阳性检出率更高。
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