对来自云南、浙江和内蒙古的30属禾本科植物的1821株内生真菌,根据ITS r DNA系统发育分析和ITS预测真菌的阈值,将这些菌株鉴定为3门10纲34目216属,其中子囊菌门Ascomycota 5纲26目192属,担子菌门Basidiomycota 3纲6目21属,毛霉门Mucoromycota 2纲2目3属。粪壳菌纲Sordariomycetes和座囊菌纲Dothideomycetes为主要优势纲,相对频率分别为54.8%和30.9%;座囊菌纲的格孢腔菌目Pleosporales和粪壳菌纲的肉座菌目Hypocreales、巨座壳目Magnaporthales、小丛壳目Glomerellales、炭角菌目Xylariales是主要优势目,相对频率分别为26.7%、12.6%、12.1%、11.3%和9.9%。主要优势纲和主要优势目在不同纬度地区的分布有明显差异。在鉴定的216个属级分类单元中,7个已知属Colletotrichum、Alternaria、Fusarium、Diaporthe、Penicillium、Arthrinium、Trichoderma和1个分类地位未定的属Pleosporales incertae sedis type 12的相对频率大于2%,除了这个分类地位未定的属以外,7个已知属都是广泛分布的真菌;云南、浙江和内蒙古的内生真菌组成和多样性差异明显,二地或三地共有的属仅58个,且云南禾本科植物的内生真菌多样性程度最高,内蒙古禾本科植物的内生真菌多样性程度最低;根部和地上部组织的内生真菌组成和多样性差异明显,两者共有的属仅53个,地上部组织的内生真菌多样性高于根部组织。巨座壳目是禾本科植物内生真菌的主要优势目。通过多基因系统发育分析,6株内生真菌属于蛇孢球壳科Ophioceraceae的Ophioceras,4株属于梨孢科Pyriculariaceae的2个分类学上不确定的分支（属）,209株属于巨座壳科Magnaporthaceae,其中83株属于8个已知属Gaeumannomyces、Magnaporthiopsis、Falciphora、Nakataea、Omnidemptus、Bifusisporella、Pseudophialophora和Aquafiliformis,126株属于9个分类学上不确定的分支（属）。多样性网络关系分析表明巨座壳目物种具有显著的地理和寄主组织特异性。对巨座壳目内生真菌的代表性菌株进行了大麦和水稻离体叶片接种测定、水稻共培养测定和侵染定殖观察,表明Gaeumannomyces的YNE00783、Magnaporthiopsis的NME00039、unidentified Magnaporthaceae clade1的YNE01369具有致病性,Bifusisporella的YNE01000、Omnidemptus的YNE00622和Omnidemptus的ZJE01773具有一定的生长促进作用,其它菌株对植株生长没有明显的影响或具有弱的抑制作用。