蒙元时期,统治者尊崇藏传佛教。回鹘人中出现了一大批以信仰与弘传藏传佛教而闻名的高僧大德,倍受皇室恩宠,或代帝出家,成为皇帝的替僧；或作为高级僧官,参与全国佛教的管理；或充当翻译人员,沟通蒙元统治阶级及上层贵族与西藏喇嘛间的联系与交流。这些高僧积极参加到由藏文佛教经典翻译成回鹘文的工作之中,成果斐然,敦煌、吐鲁番出土了大量的此类文书即是明证。随着藏文佛经被翻译成回鹘文,大大加快了回鹘普通僧俗民众信仰藏传佛教的步伐,在回鹘故地——高昌,出现了新一轮的造寺建塔、开凿石窟、雕塑佛像、绘制壁画的高潮。藏式佛塔被引入高昌地区,遍及高昌故城、柏孜克里克千佛洞、小阿萨、胜金口等地,尤其是高昌故城东南佛塔,其规模和气势是莫高窟窟前同类佛塔所无法比拟的。这一时期开凿的石窟最值得一提的是大、小桃儿沟石窟,所绘壁画皆为藏传佛教风格,绘画题材出现了八十四大成就者、藏传佛教上师及藏式如来八塔。这些绘画题材与敦煌莫高窟和安西榆林窟有许多相似之处,与西夏黑水城及藏地佛教艺术亦有联系。虽然这些石窟形制都比较小,又远离政治文化中心,偏于一隅。雕塑的佛像和绘制的壁画,显得不够细腻。但是,环顾当时整个西域地区,佛教渐趋衰落,唯有高昌仍在延续,恰时,藏传佛教的传入,为高昌佛教注入了新鲜的血液,使得其曙光再现。