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分别用Shannon信息指数和Nei指数对阿尔巴斯白绒山羊、阿拉善绒山羊、二郎山绒山羊、乌珠穆沁绒山羊、辽宁复县绒山羊五个群体的RAPD标记进行了分析。结果如下：（1）利用筛选出的12条引物检测到了64个等位基因位点，33个多态性位点，多态频率为51.56％。表明RAPD技术用于研究绒山羊核DNA遗传变异具有较高的的检出率和灵敏度。在12条引物中，S159多态性位点最多，效果最佳。引物的碱基序列为5’ACGGCGTATG3’。（2）绒山羊总群体的平均遗传多样性指数(Hsp)为0.4575，群体内遗传多样性比率为67.43％，说明群体内的遗传变异高于群体间的变异。（3）辽宁复县绒山羊和阿拉善绒山羊的遗传多样性指数较低，这与它们的选育效果相一致，而乌珠穆沁绒山羊的遗传多样性指数最高，整齐度较差。（4）五个群体遗传距离指数和分子聚类关系表明：阿尔巴斯绒山羊、阿拉善绒山羊、二郎山绒山羊分化不明显。乌珠穆沁绒山羊与阿尔巴斯绒山羊、阿拉善绒山羊、二郎山绒山羊聚为一类，亲缘关系较近，而上述四个类群与辽宁复县绒山羊的亲缘关系较远。