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分别用Shannon信息指数和Nei指数对阿尔巴斯白绒山羊、阿拉善绒山羊、二郎山绒山羊、乌珠穆沁绒山羊、辽宁复县绒山羊五个群体的RAPD标记进行了分析。结果如下:(1)利用筛选出的12条引物检测到了64个等位基因位点,33个多态性位点,多态频率为51.56%。表明RAPD技术用于研究绒山羊核DNA遗传变异具有较高的的检出率和灵敏度。在12条引物中,S159多态性位点最多,效果最佳。引物的碱基序列为5’ACGGCGTATG3’。(2)绒山羊总群体的平均遗传多样性指数(Hsp)为0.4575,群体内遗传多样性比率为67.43%,说明群体内的遗传变异高于群体间的变异。(3)辽宁复县绒山羊和阿拉善绒山羊的遗传多样性指数较低,这与它们的选育效果相一致,而乌珠穆沁绒山羊的遗传多样性指数最高,整齐度较差。(4)五个群体遗传距离指数和分子聚类关系表明:阿尔巴斯绒山羊、阿拉善绒山羊、二郎山绒山羊分化不明显。乌珠穆沁绒山羊与阿尔巴斯绒山羊、阿拉善绒山羊、二郎山绒山羊聚为一类,亲缘关系较近,而上述四个类群与辽宁复县绒山羊的亲缘关系较远。