日本囊对虾（Marsupenaeus japonicus）系甲壳动物，是我国东南沿海重要的经济养殖种类。近年来，随着对虾养殖业以及分子生物学技术的快速发展，与对虾性腺发育相关基因克隆与表达逐渐成为水产遗传育种的重点。但是人们对于对虾性腺差异的分子机制仍认识有限，关于对虾性腺差异蛋白质的表达研究更加缺乏，因此日本囊对虾性腺差异蛋白质组学研究将对阐明其分子机制有着重要的理论意义。本研究首先采用一种能同时提取RNA、DNA和Protein的试剂（RDP试剂）进行日本囊对虾性腺总蛋白的制备，并通过双向电泳（2-DE）技术与传统的裂解液法比较提取效果。RDP法所得2-DE图谱清晰，条纹少，蛋白点数多，而裂解液法存在横向和纵向拖尾，其碱性端蛋白点大量缺失，说明RDP法能有效去除蛋白样品中盐离子、脂类等干扰成分。利用双向电泳技术研究日本囊对虾性腺组织差异表达的蛋白，共筛选出45个差异蛋白，随机选取15个差异蛋白点进行MALDI-TOF/TOF MS分析，共鉴定出3种卵巢表达特异蛋白：组织蛋白酶B、皮质棒蛋白2、甲壳蓝蛋白A，5种卵巢表达上调蛋白：翻译控制肿瘤蛋白、角蛋白、磷酸丙糖异构酶、真核细胞翻译起始因子5A、NADPH异柠檬酸脱氢酶，2种卵巢表达下调蛋白：增殖细胞核抗原蛋白、Nesprin-1蛋白以及1种精巢特异表达蛋白过氧化物酶6。Gene Ontology（GO）分析显示皮质棒蛋白2、组织蛋白酶B等参与性腺发育以及配子发生中细胞周期的调控。选取差异蛋白之一的组织蛋白酶B（cathepsin B）做进一步的研究。根据日本囊对虾近缘物种的cathepsin B基因的保守区域设计简并引物，并扩增出cathepsin B的部分基因片段。利用SMART-RACE技术克隆出其全长cDNA序列，该序列全长为1525bp，包括24bp的5’非编码区，502bp的3’非编码区以及999bp的开放阅读框，共编码332个氨基酸，预测分子量约为36.9KDa，等电点为6.64。经SignalP3.0软件预测，得到该蛋白N端有17个氨基酸残基组成的信号肽序列。实时定量PCR结果显示cathepsin B在日本囊对虾的卵巢中表达量最高，精巢中基本不表达。采用pGEX-4T-2载体构建cathepsin B编码区的重组表达载体pGEX-CTSB。该重组表达质粒经测序验证无误后将其转化到大肠杆菌BL21内进行表达，经IPTG诱导后的菌液通过SDS-PAGE检测表明融合蛋白分子量约为63KDa处，以包涵体形式存在。