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溞属和裸腹溞属都是节肢动物门(Arthropoda)、甲壳纲(Crustacea)、腮足亚纲(Branchiopoda=Phyllopoda)、双甲目(Diplostraca)、枝角亚目(Cladocera)、盘肠溞总科(Chydoroidea Brooks)的动物，分别隶属于溞科(Daphniidae)和裸腹溞科(Moinidae)。溞属、裸腹溞属动物是我国多数湖泊中枝角类的优势种，由于它们的近源物种形态相似度较高，存在分类鉴定模糊、甚至错误的现象。本研究通过直接测序的方法对获得的分子标记基因进行序列分析，并分别检验了两属7个种类的系统分类，校正了部分种类的分类错误。为了检验已记录的4个溞属种类（隆线溞Daphnia carinata、透明溞D. hyalina、蚤状溞D. pulex、大型溞D. magna）的系统分类，用试剂盒法分别提取4种溞类的基因组DNA。利用特异性引物，通过PCR扩增了4种溞属种类的16S rDNA、CO I基因部分序列和ITS2序列，并与来自GenBank中每个种类相似度较高的同种序列进行分析。结果表明，基于16S rDNA、CO I基因和ITS2序列，4个溞属种类的平均种间相似度分别为85.56%、80.67%和47.9%，在线粒体基因的碱基中A+T含量均明显高于G+C含量。基于CO I基因，巢湖隆线溞与来自GenBank上的拟同形溞（Daphnia similoidesAB549199）相似度为99%，分歧度为0.4-0.9%。就16S rDNA、CO I基因、ITS2序列而言，巢湖透明溞更接近于盔形溞（Daphnia galeata）。基于16S rDNA，巢湖蚤状溞与来自欧洲的蚤状溞种内遗传距离大于其他种内遗传距离，而在CO I基因的比对中没有出现这种现象。基于16S rDNA、CO I基因和ITS2序列构建的NJ树和贝叶斯树，两者的主要分枝基本一致。结果暗示，巢湖隆线溞与拟同形溞同属于一个种，透明溞应属于盔形溞，而巢湖蚤状溞与欧洲蚤状溞已经达到种间分化的水平。为了检验已记录的3种裸腹溞属种类（发头裸腹溞Moina irrasa、短型裸腹溞M. brachiata、微型裸腹溞M. micrura）的系统分类，用试剂盒法分别提取3种裸腹溞属种类的基因组DNA。利用特异性引物，通过PCR扩增了3种裸腹溞属种类的16S rDNA部分序列，并与来自GenBank中每个种类相似度较高的同种序列进行分析。结果表明，3种裸腹溞属种类的平均种间相似度为88.75%，碱基中A+T含量均明显高于G+C含量。本研究的发头裸腹溞与GenBank所下载的多刺裸腹溞（Moinamacrocopa）相似度为99%，遗传距离（K2P双参考模型）为0.5%，属种内范围；巢湖短型裸腹溞与GenBank下载的欧洲短型裸腹溞相似度相对较低（89%），遗传距离较大（14%左右），已达到属内种间分化水平。基于16S rDNA构建的NJ树和贝叶斯树也支持以上结论。结果暗示，本研究用的发头裸腹溞可能为多刺裸腹溞，巢湖短型裸腹溞与GenBank下载的欧洲短型裸腹溞已经达到种间分化的标准。由于缺乏物种形态描述资料和其他分子标记的对比，3种裸腹溞属种类的分类地位还需开展进一步的研究。