结构域Tt APuX21的研究

来源 :西南大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:taobixianshi
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本研究旨在通过试验发现TtAPuX21的功能,即证明TtAPuX21是否确为有功能的碳水化合物结合结构域(Carbohydrate-BindingModule,CBM)。这将为进一步研究TtAPuX21与碳水化合物的化学键结合专一性,以及其与碳水化合物相互结合的机理打下前期基础。以热产硫化氢高温厌氧杆菌(Thermoanaerobacterthermohydrosulfuricus)菌液为模板,用ExTaqHSDNA聚合酶对Ttapux21进行PCR扩增。PCR反应条件为:94℃预变性5min,然后按94℃变性30s,55℃退火45s,72℃延伸30s,进行30个循环,最后72℃延伸5min。扩增产物经1﹪琼脂糖凝胶电泳,发现在约400bp处有一明显的特异扩增片段,与预期的片段大小基本一致。 PCR产物和表达载体pET21a(+)经NdeⅠ、XhoⅠ双酶切后,混匀,加入T4DNA连接酶,16℃,连接16h。连接产物转化大肠杆菌DH5α感受态细胞。 从转化平板上挑3个单菌落,进行LB液体培养;然后做菌液PCR,进行阳性克隆的初步筛选,结果显示:3个单菌落均有一约400bp的特异片段,与预期的片段大小基本一致。取经菌液PCR筛选到的其中1个阳性克隆培养液,进行DNA测序鉴定,插入片段序列正确,获得的重组DNA命名为pEX21。接种转化有pEX21的菌种于LB液体培养基中培养;然后提重组质粒pEX21,并将其转化到Tuner感受态细胞中。 挑pEX21/Tuner单菌落,接种于LB液体培养基中,培养至OD600为0.6~0.8。加入IPTG,使终浓度为0.1mM,30℃,130rpm继续培养5h。用同样方法诱导表达pET21a(+)/Tuner,作为对照。取菌体总蛋白和无细胞液(Cell-FreeExtract,CFE),同时取未诱导的菌体总蛋白,进行十二烷基硫酸钠-聚丙烯酰胺凝胶电泳(SodiumDodecylsulphate-PolyacrylamideGelElectrophoresis,SDS-PAGE),结果显示:pEX21/Tuner经IPTG诱导后,菌体总蛋白和CFE在分子量约20KDa处均有一条宽而明亮的蛋白质条带,与TtAPuX21融合蛋白的预期分子量近似;而对照菌pET21a(+)/Tuner和未诱导的pEX21/Tuner无此条带,说明获得了目的蛋白的高效表达。 取20ml诱导菌液,离心收获细菌细胞,裂解后将含融合蛋白的CFE加入到TalonTM树脂中,进行金属离子亲和层析(MetalIonAffinityChromatography,MIAC),分离纯化带组氨酸标签的融合蛋白。取纯化产物做SDS-PAGE检验,结果显示:10mM~200mM咪唑洗脱液均为单一蛋白质条带,与TtAPuX21融合蛋白的预期分子量近似,其中50mM咪唑洗脱液和100mM咪唑洗脱液的条带宽而明亮,说明50~100mM咪唑洗脱液比较适合用于洗脱融合蛋白。 以多种碳水化合物为底物,通过非变性亲和电泳(Non-DenaturingAffinityElectrophoresis,NDAE)来检验TtAPuX21是否能与水溶性碳水化合物结合,分定性分析和定量分析两种;通过SDS-PAGE来检验TtAPuX21是否能与不溶性碳水化合物结合。 在两张聚丙烯酰胺凝胶中,对照胶无淀粉,试验胶含0.2﹪淀粉,以牛血清白蛋白(BovineSerumAlbumin,BSA)作为对照蛋白,进行NDAE的定性分析。结果显示:BSA在两张凝胶中的迁移距离相等,而TtAPuX21在试验胶中的迁移距离小于其在对照胶中的迁移距离,表明TtAPuX21能与试验胶中的淀粉结合,使其迁移受到阻碍,从而导致迁移速度变慢,迁移距离变小。同样方法表明TtAPuX21能与糊精、普鲁兰糖结合。 NDAE的定性分析表明:TtAPuX21能与水溶性淀粉、糊精和普鲁兰糖结合,因此分别以不同浓度的水溶性淀粉、糊精和普鲁兰糖为底物,进一步做NDAE的定量分析,检验TtAPuX21与它们结合能力的强弱。 分别以0.006﹪、0.012﹪、0.025﹪、0.050﹪和0.100﹪水溶性淀粉为底物,仍以BSA作为对照蛋白,做NDAE定量分析。结果显示:BSA在每一张凝胶中的迁移距离相等;而淀粉浓度越高,TtAPuX21在凝胶中的迁移距离越小,表明其迁移受到的阻碍越大。以淀粉浓度C(0.000﹪)为自变量(x),TtAPuX21在对照胶中的迁移距离D与其在试验胶中的迁移距离d之差D-d(mm)为依变量(y),对C和D-d进行直线回归分析。计算表明:两变量C和D-d存在显著的直线回归关系,直线回归方程为(y)=2.176+0.192x。从回归系数可知:淀粉浓度C每增加0.001﹪,迁移距离之差D-d增大0.192mm,因TtAPuX21在对照胶中的迁移距离D不变,故其在试验胶中的迁移距离d减少0.192mm。简而言之,淀粉浓度C每增加0.001﹪,TtAPuX21在试验胶中的迁移距离d减少0.192mm。 分别以0.006﹪、0.012﹪、0.025﹪、0.050﹪和0.100﹪糊精为底物,做NDAE定量分析,结果表明:糊精浓度C每增加0.001﹪,TtAPuX21在试验胶中的迁移距离d减少0.111mm。 分别以0.050﹪、0.100﹪、0.200﹪、0.300﹪和0.400﹪普鲁兰糖为底物,做NDAE定量分析,结果表明:普鲁兰糖浓度C每增加0.001﹪,TtAPuX21在试验胶中的迁移距离d减少0.025mm。 综上所述,水溶性淀粉、糊精和普鲁兰糖浓度C每增加0.001﹪,TtAPuX21在试验胶中的迁移距离d分别减少0.192mm、0.111mm和0.025mm;表明TtAPuX21在试验胶中受水溶性淀粉的阻碍程度最大,受糊精的阻碍程度次之,受普鲁兰糖的阻碍程度最小;反应出TtAPuX21与水溶性淀粉的结合能力最强,与糊精的结合能力次之,与普鲁兰糖的结合能力最弱。 分别以不溶性淀粉和不溶性木聚糖为底物,通过SDS-PAGE来检验TtAPuX21是否能与它们结合。取TtAPuX21蛋白,与不溶性淀粉混合,冰上孵育1h,漂洗数次,再经SDS变性处理后得样品,进行SDS-PAGE检验。结果显示:SDS处理获得的样品其泳道没有蛋白质条带,表明TtAPuX21不能与不溶性淀粉结合。同样方法表明TtAPuX21不能与不溶性木聚糖结合。 本研究通过试验发现:(1)TtAPuX21能与水溶性淀粉、糊精和普鲁兰糖结合,与水溶性淀粉的结合能力最强,与糊精的结合能力次之,与普鲁兰糖的结合能力最弱。(2)TtAPuX21不能与不溶性淀粉和不溶性木聚糖结合。(3)TtAPuX21是一个有功能的碳水化合物结合结构域,是一个功能性的CBM34。
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