低氧胁迫下小鼠海马组织转录组分析及预适应机制研究

来源 :内蒙古农业大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:xb_wonder
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
氧气及其葡萄糖持续供应是保障大脑活力和功能发挥的基础。低氧引起组织、细胞功能和代谢障碍,也与众多肿瘤发生直接相关。低氧预适应(Hypoxia preconditioning,HPC)是机体为了适应低氧状态,在有限时间内积极调动内源性保护机制,激活氧感受器/信号转导通路,调控下游靶基因转录及表达以提高低氧耐受性的生物应激现象。Pre-m RNA可变剪接与转录紧密偶联,是生物功能复杂性和蛋白质组多样性的重要原因。神经系统中存在大量特异性可变剪接事件,直接影响神经系统细胞特异性分化、疾病发生等。低氧胁迫pre-m RNA可变剪接已有相关研究的报道,但大多数工作主要围绕各种肿瘤低氧微环境对机体的损伤。基于二代转录组学数据研究HPC对脑组织的保护机制还很少见。因此,本文基于小鼠低氧预适应(Whole-body hypoxic preconditioning,WHPC)动物模型和细胞模型,结合高通量转录组测序技术、生物信息学分析及分子生物学实验方法,鉴定若干调控HPC关键基因和差异可变剪接事件,从转录组水平,乃至上游代谢和信号传导通路层面上理解小鼠在低氧胁迫下预适应保护机制,为实体瘤、血管性疾病等相关疾病临床治疗方案提供有益帮助。主要研究内容及结果如下:(1)建立小鼠WHPC动物模型。利用HE染色组织形态学观察、氧化应激指标、HIF-1α和HO-1 m RNA及蛋白质表达水平定量评估小鼠WHPC动物模型。研究发现在建模过程中,随着小鼠低氧预处理次数增加,小鼠耐低氧时间也逐渐延长。HE染色显微观察发现,小鼠海马CA1区锥体细胞排列由散乱稀疏逐渐恢复正常,细胞水肿、空泡样改变呈恢复趋势。低氧预处理一次、两次和三次样本组(H1组、H2组和H3组)SOD活力、MDA表达水平显著上调;低氧预处理四次(H4组)相对于H3组,SOD活力、MDA表达水平降低。HIF-1α和HO-1m RNA及蛋白质表达水平在H4组显著升高。综上所述,此模型能较好地反映低氧预处理对小鼠海马组织产生了预适应,为后续实验奠定坚实基础。(2)分析低氧预处理小鼠海马组织差异表达基因。在建立小鼠WHPC动物模型的基础上,选择H0组(未做低氧预处理的对照组)、H1组和H4组进行了转录组测序。利用生物信息学方法对数据进行质控分析。利用edge R及DESeq2等软件对不同低氧预处理组的差异表达基因(Differentially expressed genes,DEGs)进行筛选,并对筛选的DEGs进行GO和KEGG富集分析。使用q RT-PCR技术对13个关键DEGs进行了实验验证。GO富集分析显示,DEGs主要参与调控应激反应、细胞能量代谢、抗炎症反应、血管生成等方面。KEGG富集分析显示,DEGs主要参与调控胆碱能突触、趋化因子信号通路、细胞因子受体相互作用、TNF、MAPK等多条信号通路。(3)分析低氧预处理小鼠海马组织差异可变剪接事件。采用Hisat2和STAR软件将RNA-Seq测序得到的质控数据与小鼠基因组进行序列比对,使用r MATS软件分析了H0组、H1组和H4组差异可变剪接事件,采用半定量RT-PCR验证了Edrf1、Lrrc45、Rbm41和ptk2差异可变剪接基因(Differential alternative splicing genes,DASGs)。GO富集分析显示,DASGs主要参与调控RNA剪接、RNA聚合酶II转录、组蛋白H3去乙酰化等生物学过程。KEGG富集分析显示,DASGs涉及糖代谢、谷氨酰胺代谢、免疫调节、生理节律的调节等相关信号通路。半定量RT-PCR检测结果显示,除Rbm41外显子保留率没有显著差异外,不同低氧预处理促进了Edrf1、Lrrc45和ptk2外显子跳跃。(4)为进一步理解小鼠在低氧胁迫下适应性保护机制,我们建立了HPC小鼠HT22细胞模型。通过细胞存活率、LDH漏出率和氧化应激指标评估了HT22细胞模型。并在此基础上验证了7个DEGs(Hbb-bt、Nr4a1、Cyr61、Txnip、Dusp、Ddit4、Glut1)表达情况和5个DASGs(TUBD、Ndrg2、PLOD2、Edrf1、Lrrc45)的外显子保留率。结果表明:与H0组相比,H1组HT22细胞系存活率降低,LDH漏出率升高,SOD活力、MDA水平升高;H4组HT22细胞系存活率显著上升,LDH漏出率降低,SOD活力、MDA水平降低。DEGs验证结果显示,H1与H0组间比较,DEGs相对表达量整体趋势明显升高。H4与H1组间比较,Txnip相对表达量没有显著差异,Cyr61、Hbb-bt、Nr4a1、Dusp和Glut1相对表达量显著升高。DASGs验证结果显示,H1与H0组间比较,TUBD和PLOD2外显子保留率没有显著差异,低氧预处理促进Ndrg2、Edrf1和Lrrc45外显子跳跃。H4与H1组间比较,Lrrc45外显子保留率没有显著差异,低氧预处理促进了TUBD、Ndrg2、PLOD2和Edrf1可变外显子的跳跃。
其他文献
马铃薯挖掘机是一种常见的农业收获机械,杆链—摆动分离筛组合式分离装置是其主要工作部件之一,该装置主要用于马铃薯收获过程中马铃薯和土壤等混合物的分离。根据挖掘机薯土分离装置的设计和使用要求,小型马铃薯挖掘机多采用杆链式、摆动分离筛式的薯土分离装置,中型马铃薯挖掘机多采用杆链—摆动分离筛组合式的薯土分离装置。目前,内蒙古自治区的马铃薯种植多属于中小型规模,因此,杆链—摆动分离筛组合式薯土分离装置的马铃
沙漠的极端环境塑造了双峰驼独有的生理代谢机能和生活方式。在抗逆性相关研究中,骆驼是极其宝贵的自然资源。已有研究发现骆驼拥有异于其他物种的较高血糖水平,这种血糖耐受能力对人类高血糖不耐受的研究有着极其重要的借鉴价值。本研究以阿拉善双峰驼为对象,对其进行多组织转录组测序,并对血糖耐受过程中可能发挥主要作用的组织进行蛋白质质谱分析,以揭示骆驼在长期自然进化中形成的独有的高血糖耐受机制,为认识高血糖代谢、
荒漠草原是内蒙古草原的重要组成部分,近年来,由于受到自然和人为活动等因素的影响,退化现象十分严重,严重影响了当地生态系统的可持续发展。因此,分析和预测荒漠草原潜在退化危险,加强草原保护和治理显得尤为重要。随着数字图像处理技术的不断发展,图像处理技术已逐渐用于草原生态环境及草原植被相关研究中。本文以内蒙古鄂尔多斯荒漠草原为试验区,以荒漠草原指示性植物无芒隐子草为试验对象,应用图像处理技术研究了无芒隐
征稿类型《红外与毫米波学报》研究论文综述论文征稿范围太赫兹光子学与电子学太赫兹源太赫兹探测太赫兹功能器件太赫兹人工材料太赫兹等离激元太赫兹测量与谱仪太赫兹混频、放大与调制太赫兹天线、传输与通信太赫兹传感、探测与成像毫米波雷达传感器毫米波器件与应用太赫兹与毫米波位于传统的红外与微波的过渡区域,是电磁频谱中具有重大科学意义和前景的频段。近年太赫兹-毫米波相关的材料、器件和技术发展迅速,
期刊
羊支原体性肺炎是绵羊和山羊中广泛流行的高度接触性传染病。在我国,该病的主要致病菌是丝状支原体山羊亚种(Mycoplasma mycoides subsp.capri,Mmc)和绵羊肺炎支原体(Mycoplasma ovipneumoniae,Mo)。相比于Mmc,Mo人工培养困难,且难以连续传代,因而限制了分离培养法和血清学方法在检测中的应用,加之Mo的生长滴度低,无法进行扩大培养来大量的收集抗原
骆驼是久居沙漠的大型哺乳动物,其作为动物抗逆性研究的良好生物资源拥有着极其重要的科研和应用价值。本试验对9只雌性双峰驼(Camelus bactrianus)进行了转录组测序,再通过抗性基因筛选、转录后调控分析和实验验证,为揭示骆驼适应沙漠环境的独特机制和解决人类高血压、高血糖等疾病提供了分子理论基础。本试验将9只雌性双峰驼随机分配到盐胁迫试验组、禁水胁迫试验组和自由饮食对照组中,每组3只。经24
不少学者探究文化研究与经济学、经济地理学研究的关系,但是关于地域文化如何影响空间集聚的讨论还不够深入。本文选择克鲁格曼的核心—外围模型(CP模型),采用经济学常规的模型逻辑演绎方法,辅助文献论据,探讨地域文化如何与该模型结合,从而参与解释产业集聚的过程。主要结论为:(1)地域文化不但可以影响CP模型中的τ,也可以影响μ和ρ。文化地理学者只有开展区域文化的比较研究,才能将地域文化转变为CP模型中的参
江泽民总书记在1997年9月召开的党的十五大的报告中明确提出:"依法治国,是党领导人民治理国家的基本方略"。1999年3月九届全国人大二次会议通过的宪法修正案也郑重规定:"中华人民共和国实行依法治国,建设社会主义法治国家"。这表明我们党和国家已经把执政的领导方式确定为法治方式。作为国家权力机关执行机关的各级政府和行政执法部门,其最基本的运作
会议
物联网系统中,信息采集是进行数据处理和实现反向控制的第一步。常用的数据采集方法有条形码、传感器、视频监控和射频识别等。其中射频识别由于其非接触性、标签内容可修改、批量读取等优势成为自动识别采用的最主要的技术之一。目前射频识别(Radio Frequency Identification,RFID)技术广泛用于智慧交通、智能物流、智慧制造等需要实现大规模自动识别对象的领域。一个RFID系统包括阅读器