基于TCGA数据库胃癌差异甲基化位点研究

来源 :南华大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:zhuangjun_1988
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目的:探讨甲基化在胃癌发病分子机制中的作用,筛选潜在的生物标志物基因。方法:第一步,从TCGA(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库下载胃癌甲基化表达数据、胃癌基因表达数据、胃癌样本信息;第二步,利用CHAMP数据包对甲基化表达数据进行差异甲基化位点分析,筛选差异甲基化位点;第三步,计算差异甲基化位点与位点相关基因的Pearson相关系数,筛选甲基化位点负调控基因;第四步,对胃癌甲基化负调控基因做富集信号通路分析及蛋白质网络分析。结果:从TCGA数据库下载到141个胃癌甲基化芯片,胃癌样本为82,癌旁样本59个;以P<0.05,筛选差异甲基化位点3442个;以P<0.05、-1.0
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