论文部分内容阅读
猪腹股沟/阴囊疝一直受到养殖业者的关心和重视,它导致了贫弱的动物福利和巨大的生产经济损失。腹股沟/阴囊疝是一种复杂的疾病,主要由多基因和环境因素共同作用所致,研究进展较为缓慢。目前,许多研究小组采用不同的方法去解析猪腹股沟/阴囊疝的致病原理和寻找患病相关的易感区域,但所得到的结果不一致且没有得到广泛的验证。本研究通过全基因组简化测序,进行全基因组关联分析,筛选出与猪腹股沟阴囊疝相关的多态位点,定位到相应的候选基因;同时也对国内外各个研究小组筛选出来的候选基因在本试验群体中进行了验证。主要的研究结果如下:1.本试验采集了包含法系大白猪、法系长白猪、美系大白猪以及多元杂交商品猪共270头样本群体;从中挑选出59头患病个体和61头正常个体作为高通量测序样本,进行了简化基因组重测序。根据完整度>0.8,MAF>0.05过滤,并获得218460个高度一致的群体SNP。考虑到群体结构的复杂性,首先利用SNP信息对样本进行群体结构分析,再通过基于TASSEL软件的线性模型的进行分析。结果显示,在总群体和法系大白分群体中,都没有定位到十分显著关联的位点。对所有样本进行患病-对照全基因组关联分析,在总群体中定位到了7个显著关联的SNP位点;单独分析法系大白群体时,定位到了9个显著相关的SNP位点。2.依据关联的SNP信息,进行功能基因挖掘。在包含120个测序样本的混合群体中,筛选出来了两个位置功能候选基因CPNE5和MAP7D2;在含有57个测序样本的法系大白群体中定位到了9个位点,但只筛选到了1个功能位置候选基因MYCN。并对基因CPNE5和MAP7D2在270头样本中进行了多态性分析,结果显示,患病猪和正常猪在CPNE5基因多态位点处的基因型分布差异极显著(P=3.24081E-07<0.01),等位基因频率的分布差异也表现的极显著(P=2.2726E-10<0.01);MAP7D2基因多态位点的基因型分布(P=0.000967835<0.01)和等位基因频率的分布(P=4.15084E-06<0.01)差异均极显著。3.根据已报道的研究并结合阴囊疝的解剖学病理特点,我们选择了SOX9、COL2A1、MMP2和INSL3这四个候选基因在本试验群体中进行关联分析。方差分析结果显示:在混合群体中,SOX9基因与阴囊疝相关的多态位点的基因型分布差异显著(P=2.56E-05<0.01),等位基因频率分布差异极其显著(P=0.000271<0.01);COL2A1基因的相关位点在混合群体中,差异不显著(P>0.05),但发现在法系群体中基因型频率差异显著(P=0.000836<0.01);MMP2基因和INSL3基因多态位点的基因型频率和等位基因频率分布差异不显著(P>0.05)。