南京近代建筑在南京建筑史乃至中国建筑史中具有重要的历史意义，尤其国民政府定都南京，其对南京近代城市建筑产生的历史意义和深远影响以及留下的丰富建筑遗产，在中国近代建筑史中具有很高的历史地位。而基督教教堂作为近代中西方文化交汇的重要物质载体，其中所体现的西方建筑学价值及其在中国发生的转译远远超过很多其他类型的公共建筑，成为南京近代建筑史上的重要篇章。　　本文主体主要分为三个部分。第一部分重在重现基督教传入南京、在南京的传播和发展及其主要营造活动的历史原貌。文章通过对相关历史文献和已有相关著作的历史考据，对比分析，去伪存真，建立了基督教、基督教教堂及其它教会建筑从传入南京直至近代几百年来的发展概况，为后面的研究奠定一个宏观背景。第二部分从现存的南京近代基督教教堂中选择最重要、最具代表性的三座教堂:石鼓路天主堂、圣保罗堂和莫愁路堂。文章一方面根据相关史料和文献，勾勒出清晰的教堂历史沿革，另一方面通过对三座教堂进行现场的调研测绘，绘制出教堂的完整图纸并建立电子模型，作为史料的重要补充，并在此基础上，对教堂的建筑形制、空间特征、结构构造等方面进行全面深入的分析研究。此外，石鼓路天主堂和圣保罗堂都在最近完成过修缮，文章也对其中的建筑修缮设计和结构加固方法进行系统的探讨。第三部分则通过史料整理和现场调研，阐述了几处南京近代基督教重要建筑遗存的历史和现状。除此之外，对史料中有详细记载、具有一定历史意义但是已经不存在的南京近代基督教教堂也进行了概述。　　最后，南京近代基督教教堂既不同于西方教堂建筑，也不同于中国传统建筑。文章最后进一步探讨在南京近代基督教教堂中所体现的中西文化的交流，并对现存教堂的保护修缮以及研究中涉及到的其他重要问题提出自己的看法，并对后续的研究进行展望。