本文结合线粒体DNA细胞色素b(cytochromeb)和核腺苷酸激酶内含子5(AdenylateKinaseIntron5)两个基因，采用DNA测序的方法研究了雀形目9科38种鸟类的系统发育关系。结果表明：燕雀类和鹀类的分歧达到了科级水平，将它们分别归入燕雀科和鹀科；鸲类和姬鹟没有达到科级水平，将它们归入鹟科下；莺类和长尾山雀类独立成科；鸸科、山雀科、长尾山雀科和鸦雀与莺科关系较近。在莺科(Sylviidae)内部，建议将蝗莺和树莺归入大苇莺亚科(Acrocephalinae)，但认为蝗莺和树莺的关系稍远；把柳莺归入柳莺亚科(Phylloscopinae)。从类群的单系性来看，认为燕雀科、鹀科、鹟科和山雀科都分别很好的构成单系，而莺科不是一个单系。通过构建的系统树来看，Cytb对于解决种间系统发育关系的能力是勿庸置疑的，AK5在解决同属内近缘物种间的关系上起到一定的作用。通过相对速率检验证明两个基因的各主要分支中存在着相对恒定的分子钟，根据鸟类mtDNA的Cytb进化速度大约是每百万年1.6％的速率，推断出燕雀科与鹀科的分歧时间在10.5百万年左右，在鹟科内部，姬鹟和鸲类的分歧时间在9.0百万年左右，在莺科内部柳莺亚科与苇莺亚科的分歧时间也在9.0百万年左右；在燕雀科内部白腰朱顶雀与普通朱雀的分歧时间在7.5百万年左右，外群与内群之间的分歧时间在13.5百万年左右。