随着科技创新在全球范围内被普遍接受,创新战略也越来越频繁地出现在世界各国的国家战略范畴之中。作为国家创新的重要支撑,各国自然科学基金对提升本国创新能力中的作用也越来越被关注。我国自然科学基金发展较晚,但在我国科学技术发展过程中的推动影响却十分重要。随着国家自然科学基金的不断发展,相应的我国各省也纷纷成立省级自然科学基金,重点支持本地区自然科学水平的提升。省级自然科学基金投入的不断加大的同时,对基金资助管理绩效的研究也更多的被学者和社会大众所关注。尤其是省级自然科学基金,作为地区政府科技管理方面公共开支的重要构成部分,其资助与管理状况备受关注。但是长期以来,由于缺乏对基金资助管理绩效评估的意识和有效的手段与工具，对省级自然科学基金的评估往往止步于对具体项目的评估,显然这是不能满足不同利益相关者诉求的。本文在系统综述国内外自然科学基金评估方面的相关理论与实践的基础上,提出了对省级自然科学基金管理与资助绩效的全面评估方案。考虑到省级自然科学基金定位的特殊性和工作的重要性,本文以利益相关者角度出发,从战略定位开始,分别采用词频分析、案例研究方法对省级自然科学基金战略形式一致性、实质一致性进行评估,采用DEA模型对其投入产出效率进行评估,采用模糊评价法对基金委管理运营效率进行评估,形成了系统、全面、整体的省级自然科学基金评估体系,并以安徽省自然科学基金为例在实践上论证了该体系的可行性。本文通过对安徽省自然科学基金的案例研究,对该基金进行了整体评估,得出安徽省自然科学基金战略一致性较好,资助效率不均衡和基金委管理提升空间较大的研究结论。