【摘 要】
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猪圆环病毒3型（Porcine circovirus type 3,PCV3）是2016年发现的一种可以引起发热、食欲不振、流产、死胎等临床症状的新型圆环病毒,临床上常与PCV2混合感染目前并无PCV3商品化疫苗,给我国养猪业造成重创。由于PCV3毒株不断进化,对其基因序列变异及遗传进化的分析可为疫苗研发奠定基础。为了解山西地区猪圆环病毒3型的流行现状和遗传变异情况,本试验采集山西11个地市20个
【基金项目】
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山西省重点研发计划重点项目:动物功能产品疫病控制基因工程苗关键技术研究与应用（201703D211001）；
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猪圆环病毒3型（Porcine circovirus type 3,PCV3）是2016年发现的一种可以引起发热、食欲不振、流产、死胎等临床症状的新型圆环病毒,临床上常与PCV2混合感染目前并无PCV3商品化疫苗,给我国养猪业造成重创。由于PCV3毒株不断进化,对其基因序列变异及遗传进化的分析可为疫苗研发奠定基础。为了解山西地区猪圆环病毒3型的流行现状和遗传变异情况,本试验采集山西11个地市20个屠宰场的521份猪肺脏组织样品进行PCV3检测并扩增测序。参照Gen Bank中收录的PCV3基因组序列设计引物,随机选取20株阳性样品进行全基因测序,运用DNAstar及MEGA-X等软件,使其与Gen Bank上已发表的30株PCV3国内外参考株及3株PCV2疫苗、1株PCV1进行全基因序列遗传进化比较分析,运用在线生物学软件分析Cap基因。结果显示:山西PCV3的感染率为85.22%（444/521）;获得20株PCV3全基因序列;所测山西PCV3全基因组序列与国内外参考株的同源性为97.4%～99.8%,与PCV1的同源性为45.5%～46.2%,与PCV2疫苗株的同源性为47.0%～47.8%;所测20株PCV3Cap基因的同源性为97.1%～100%,与PCV3参考株的同源性也为97.1%～100%,与PCV1参考株的同源性为34.5%～35.6%,与PCV2疫苗株的同源性为35.4%～36.7%;所测20株PCV3 Rep基因与PCV3参考株的同源性为98.1%～100%,与PCV1参考株的同源性为51.9%～52.8%,与PCV2疫苗株的同源性为52.5%～53.4%。Cap、Rep基因的核苷酸及氨基酸序列存在多处变异情况。其中有13株PCV3a型、3株PCV3b型、4株PCV3c型;Cap基因的分子量差异小,为碱性蛋白,无信号肽,蛋白不稳定,属于亲水性非脂溶性蛋白,潜在磷酸化位点基本一致,有两个O-糖基化位点,无N-糖基化位点,存在多处B细胞抗原表位,且该区段24、56、77、150位存在氨基酸变异。结果表明PCV3在山西广泛存在,流行毒株以PCV3a基因型为主,且未出现明显变异;PCV3与PCV1、PCV2疫苗株的同源性较低,推测目前的PCV2疫苗不对PCV3起保护作用。
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