我国农民专业合作社开始于20世纪，规范发展于2007年《中华人民共和国农民专业合作社法》实施之后。作为一种新型合作组织，农民专业合作社有效克服了家庭经营存在的弊端，如生产规模小、组织化程度低、竞争力不足等问题，有利于整合农村资源、加快农村发展、促进农民增收，有利于脱贫攻坚、全面实现小康社会。　　农民专业合作社是在农村家庭承包经营基础上，同类农产品的生产经营者或者同类农业生产经营服务的提供者、利用者，自愿联合、民主管理的互助性经济组织。它的出现是市场经济的产物，在破解“三农”问题中发挥了重要作用。然而由于市场经济自发性、盲目性和滞后性的缺陷，容易导致供求平衡、资源浪费。政府有必要在充分尊重市场规律、发挥市场在配置资源决定性作用的基础上，切实加强宏观调控，确保公平公正的竞争环境，以消除制度供给不足，促进经济社会又好又快发展。　　我国政府陆续出台了一些促进农民专业合作社发展的扶持政策，取得了一定成效。作为农业大市，菏泽市把加强农民专业合作社建设摆在更加突出的位置，因势利导，采取有效措施，发展成效显著。作为税务部门，日常征收管理过程中，既要严格落实各项税收优化政策，又要堵塞管理漏洞，避免税收执法风险。认真研究这一问题，对于提升管理水平、和谐征纳关系、促进专门专业合作社规范发展具有较强的现实意义。　　本文采用文献研究、实证分析、定量分析、定性分析等方法，结合菏泽市农民专业合作社发展现状及特点，在对国内外研究成果进行综述的基础上，深刻剖析了农民专业合作社税收管理与服务存在的问题，主要有三个大的方面，分别是税收政策不完善、税收管理不到位、税收服务不深入。本文对这三个大的方面分别进行了阐述。　　为进一步引导依法诚信纳税，提高纳税遵从度，本文最后针对出现的问题，紧紧围绕如何加强农民专业合作社税收管理和服务，在国家政策层面、税务机关层面、合作社层面提出了相应的对策，以期对解决相关问题有所裨益。如理顺现有管理体制，建立联席会议制度；厘清和完善概念，提高政策的精准度；多措并举，强化政府扶持力度；强化日常管理，堵塞征管漏洞；加强考核，严格落实税收优惠政策；更新服务理念，优化税收服务；推进服务创新，提升宣传辅导质效；加强内部管理，促进规范化发展；注重品牌建设，提升核心竞争力；拥抱“互联网+”，补齐发展短板等。