本课题利用环境微生物宏基因测序技术对不同产地铁皮石斛内生菌之间以及内生菌与根际土壤微生物之间开展了种类和种群结构的比较研究。结果表明，不同产地铁皮石斛根际土壤微生物有着各自的独特的生物多样性和群落结构。不同产地人工栽培种铁皮石斛内生菌表现出相似的生物多样性和群落结构。野生铁皮石斛内生菌的生物多样性和群落结构有别于人工栽培种，其生物多样性更丰富，群落结构也与人工栽培种铁皮石斛存在显著差异。研究结果揭示内生菌与环境微生物，特别是根际土壤微生物存在着密切的联系，人工培养基质的趋同性和均一性以及相似的人工培养环境很可能削弱了不同产地人工种植种铁皮石斛内生菌的种类和种群差异。野生种铁皮石斛生长受到各自产地独特的环境微生物的影响，因此表现出各自独特的内生菌种群分布和群落结构特征。　　同时，本课题对采集到的铁皮石斛样本进行了内生真菌的分离纯化，共得到39株内生真菌。通过与环境微生物宏基因测序结果对比，选取了其中具有地域特色的5株内生真菌，经鉴定分属于叶点霉属、刺盘孢属、炭角菌属、毛壳菌属和曲霉属。将他们与研究过的被证明其真菌诱导子具有促生作用的3株菌株NT66G01、NT04Y01和NT12J04一起进行了回染铁皮石斛无菌苗实验，并进行转录组测序。通过基因功能注释和代谢通路注释，发现内生真菌感染铁皮石斛无菌苗后宿主植物在一系列代谢途径上均发生了基因差异表达。其中NT66G01、NT04Y01两株菌株明显具有使宿主植物生长相关代谢通路基因表达上调的作用。从四川自贡人工栽培种铁皮石斛和云南芒市野生铁皮石斛中分离的两株内生真菌L和N也具有促进宿主植物生长相关代谢通路基因表达上调的作用，表明这两株菌株可能对宿主植物铁皮石斛具有促生作用。　　本课题首次利用高通量测序技术全面获取了铁皮石斛内生菌和根际土壤微生物的种群分布和群落结构信息，初步研究了内生真菌对铁皮石斛转录水平的影响。丰富了内生菌的生物多样性信息，发现了在内生真菌影响下宿主植物差异表达的基因和代谢通路的变化，为进一步深入研究内生菌打下了基础。