肠道病毒71型(EV71)属于小核糖核酸病毒科肠道病毒属，是感染手足口疾病(HFMD)的主要病原体，常引起无菌性脑膜炎、脑干脑炎和脊髓灰质炎等多种与神经系统相关的疾病。自1969年起，HFMD一直危害着人类的健康，它的流行已成为我国大陆、台湾地区以及东南亚国家重大公共卫生问题，但到目前为止，由EV71引起的疾病尚无有效的治愈药物。　　 EV71的3C蛋白酶在病毒蛋白加工过程中，水解除了VP1和2A与VP2和VP4之外的其他所有多聚蛋白;还切割许多调控因子，如TATA-box结合蛋白(TBP)、转录激活因子p53等;所以，EV713C蛋白酶有望作为蛋白靶点进行药物开发。同时，具有结构多样性和生物活性多样性的天然产物一直是新药开发的重要源泉。因此从天然产物库中通过高通量方法筛选3C蛋白酶抑制剂是一种快捷、高效地发现抗EV71药物的途径。　　 本文应用常规的色谱柱层析、高效液相色谱(HPLC)、重结晶等技术，对实验室储备的中草药浸膏和中药饮片进行提取、分离、纯化，获得标准组分（成分约为10～20种）或单体增补到天然产物库中;然后基于3C蛋白酶的体外高通量酶活筛选体系，选出有活性的标准组分或备选药材浸膏;对选出的苦参、虎杖、前胡、莪术、炒枣仁、丹皮6种备选药材进行活性跟踪下的分离纯化，共计发现7种有明显抑制活性的标准组分和一个单体化合物。单体化合物降苦参酮的IC50为135.8μM。在提取分离过程中，共获1045种标准组分，纯化出30种单体化合物，通过核磁共振波普(NMR)、质谱(MS)等波谱方法鉴定其相应的结构，其中physicon-8-β-D-(6-O-acetyl) Glucoside是从虎杖中首次分离，对羟基苯甲酸，对甲氧基苯甲酸是从苦参中首次分离。　　 此外，对活性化合物降苦参酮在苦参乙酸乙酯层进行了含量测定，其线性范围为0.056μg～0.56μg(r=0.9992)，含量为3.29％，因降苦参酮在总黄酮中含量也只有4.07％～4.13％，这表明降苦参酮主要存在于苦参乙酸乙酯中，这为更快捷地从苦参中分离降苦参酮提供理论依据。