海关权属于中央事权，中国海关从体制上讲是典型意义上的垂直管理体制，实行垂直管理体制是确保海关依法独立行使职权，维护国家主权和利益，保证我国进出境法律和制度对外统一性和全国统一性的重要前提和基本条件。但随着国家经济社会的发展和形势的变化，海关垂直管理体制伴随着基本管理手段的弱化受到严峻的挑战并呈现出垂直管理体制本身和与海关职能职责相关联的弊端。直属海关是直接由海关总署领导，负责管理一定区域范围内海关业务的海关。直属海关就本关区的海关事务独立行使职权并对海关总署负责，在海关管理职能中发挥着承上启下的重要作用。直属海关是海关总署在地方实现中央事权的机构载体，直属海关与地方政府的关系是中央和地方关系在地方的一个现实缩影，也是政府间关系（府际关系）中一个重要和复杂并具有典型意义的方面之一。这种关系属于政府间关系（府际关系）定义中不存在行政隶属关系的非同级政府之间的关系。海关具有与其垂直管理体制和职能职责相匹配的行业特点，从驻地分散在全国各直辖市、省会城市和部分对外开放程度较高的口岸城市的直属海关层面上讲，与地方政府的关系包括与省级政府机构（省、自治区、直辖市政府）、驻地所在市政府机构及隶属海关（办事处）驻地所在市、区、县政府等的关系，并交叉着与其他垂直和属地的口岸执法管理、对外贸易部门和物流交通部门的关系。其中与省级政府机构、所在市政府机构的关系是直属海关与地方关系中最为重要的方面。当前，在直属海关工作实践中，与地方政府关系面临诸多困境，从很大程度上已经制约了海关职能的有效发挥和中央事权的顺利实现，从更高层面上影响到了海关在政府机构中的职能定位，影响到垂直管理体制建立的初衷和有效性的发挥。产生这一系列的问题有很多原因，但归根结底可以从海关垂直管理体制本身的弊端上找到源头，要解决这些问题除了微观、中观层面的技术性处理和方式改进外，更需要从改进政府间关系入手，以优化海关垂直管理体制为切入点去解决问题。目前，各直属海关单位已日益重视与地方政府关系的处理，而对于面对直属海关与地方政府关系困境解决方法的探索，无论是海关理论界还是实务界，都缺乏一个系统的界定和全面的理性分析，更缺乏从体制层面，顶层设计，系统推进上去考量解决问题的方法。本文的研究力图拓展这一领域的理论探索，并寻找从体制层面解决直属海关与地方政府关系困境的一般套路。　　本文应用政治学、公共行政学、行政管理体制改革、行政法学和政府间关系理论，采用文献研究、实证研究、历史研究、比较研究的方法，从垂直管理体制和海关垂直管理体制的建立发展，利弊分析入手，结合垂直管理体制的弊端和直属海关面临的与地方政府关系的困境表现，从优化垂直管理的视角探究解决直属海关与地方政府关系困境的总体思路。从体制和技术层面一并谋寻解决问题的办法，以更好地促进直属海关在地方有效行使职能，在维护中央利益的前提下促进地方经济社会健康发展，形成良性的“协同治理”局面，并为建立更科学、合理、高效的条块关系提供借鉴。