论文部分内容阅读
目的:探索帕金森病(Parkinson’s disease,PD)易感基因SNCA在维、汉两民族间的表达差异,以及Rep1位点片段多态性差异和内含子1区甲基化水平与不同民族间PD的发生关联。方法:用Illumina表达谱芯片筛查6例PD患者(维∶汉=1∶1)与5体检健康者(维∶汉=3∶2)的外周血淋巴细胞(Peripheral bloodmononuclear cells,PBMCs),并用实时荧光定量PCR(real time fluorescent quantitativePCR,qRT-PCR)法检测SNCA mRNA的表达水平;直接测序法检测SNCA启动子区Repl多态性;密度梯度离心分离40例EOPD(early-onset Parkinson’s disease)患者(维族19例,汉族21例)和40例年龄≤50岁正常人(维族19例,汉族21例)的PBMCs,飞行时间质谱分析质谱技术(matrix-assisted laser desorption/ionization–time of flight,MALDI-TOF)检测SNCA基因内含子1区的甲基化水平。结果:(1)PD组与对照组比较,汉族PD组与汉族对照组比较均未发现SNCA基因表达差异具有统计学意义(P>0.05);维族PD组与维族对照组比较,本研究共发现274个差异表达的基因。其中,177个(63.4%)基因为上调基因,有97个(36.6%)差异表达基因为下调基因,其中与家族性PD和散发性PD发生均有关的易感基因SNCA在维族PD与维族对照组的比较中差异具有统计学意义(表达倍数值Fold change,FC=5.96,P=0.02,)。通过应用KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)数据库相关软件平台进行功能模块分析,发现多个具有统计学差异的KEGGpathway,包括:胆碱能突触(富集指数Fold enrichment,FE=5.569,P=0.005)、小细胞肺癌(FE=5.307,P=0.018)、癌症的转录失调(FE=3.807,P=0.018)、GABA能突触(FE=5.185,P=0.019)、D-谷氨酰胺和D-谷氨酸代谢(FE=50.125,P=0.020)、昼夜节律(FE=4.904,P=0.022)、趋化因子信号传导通路(FE=3.342,P=0.028)、谷氨酸突触(FE=4.064,P=0.035)、多巴胺突触(FE=3.638,P=0.046)、精氨酸和脯氨酸代谢(FE=5.569,P=0.049),其中SNCA基因参与的胆碱能突触(FE=5.569,P=0.005)、多巴胺突触(FE=3.638,P=0.046)共富集通路,可能与PD发病机制有关。(2)本研究共发现Rep1位点0,1,2三种等位基因,0/0、1/1、2/2、0/1、0/2、1/2六种基因型;等位基因2频率在PD组中高于对照组分别为9.7%和6.4%,差异有统计学意义(2=7.81,P=0.02;);EOPD(Early-onset Parkinson’s Disease)组与年龄≤50岁对照组比较:等位基因2在两组间的频率分别为22.5%和7.3%。两组比较差异具有统计学意义(2=16.89,P=0.00);EOPD组与LOPD(Late-onsetParkinson’s Disease)组比较:在EOPD组中等位基因2的发生频率明显高于LOPD组,分别为22.5%、6.1%,差异具有统计学意义(2=35.52,P=0.00);不同民族间PD组与对照组、不同性别间PD组与对照组、晚发性PD组与年龄>50岁的对照组、PD组间维、汉比较、PD组间男、女比较,差异均没有统计学意义(P>0.05)。(3)EOPD组与年龄≤50岁对照组比较、汉族EOPD组与汉族对照组比较、维族EOPD组与维族对照组比较、男性EOPD组与男性对照组比较、女性PD组与女性对照组比较以及男性EOPD组与女性EOPD组比较均未发现SNCA基因内含子1区的平均甲基化水平存在统计学差异(P>0.05);维族EOPD组SNCA基因内含子1区平均甲基化水平高于汉族EOPD组,差异具有统计学意义(P=0.020,OR=0.81);不携带2型等位基因的EOPD组其甲基化水平低于相应的对照组(6.4%vs6.6%,P>0.05),携带2型等位基因的EOPD组其甲基化水平也低于相应的对照组,差异均无统计学意义(6.1%vs7.1%,P>0.05);携带2型等位基因的EOPD患者其甲基化水平低于不携带2型等位基因的EOPD个体,差异没有统计学意义(6.1%和6.4%,P>0.05)。结论:(1)易感基因SNCA与新疆地区维族PD的发生有关;(2)SNCA基因启动子区Rep1片段多态等位基因2与EOPD的易患性有关,而与民族、性别无关。(3)SNCA基因基因内含子1区的甲基化水平可能与维、汉两民族的EOPD的发病无关。(4)携带2型等位基因且内含子1区低甲基化的个体更易患PD,且发病年龄趋于早发型。