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目的:应用生物信息学对大肠癌相关抗原基因CRC-L-10的基因结构和生物学功能进行预测,RT-PCR鉴定CRC-L-10的表达谱;应用蛋白组学技术结合生物信息学方法鉴定、分析抗大肠癌单克隆抗体Hb3识别的相关抗原Ca-Hb3。
方法:应用美国国家生物信息中心(NCBI)的核酸数据库,EST数据库和相应软件分析进行生物信息学分析。提取细胞总RNA,采用半定量RT-PCR扩增CRC-L-10,凝胶电泳后对电泳图进行灰度扫描。提取HRT-18细胞总蛋白,经SDS-PAGE、Western blot鉴定出与Hb3特异结合的PAGE胶条带,目的条带胰酶消化后,采用高效液相色谱串联质谱进行鉴定。
结果:大肠癌相关基因CRC-L-10定位于15q25.2,最长开放阅读框为579bp,编码192个氨基酸,广泛表达于许多正常组织如骨、肝、胰、心脏等,但在皮肤癌、肾癌、胃癌、肝癌等10种肿瘤组织中表达明显上调,而在相应正常组织中低表达。RT-PCR检测发现CRC-L-10在肿瘤细胞株的表达与正常细胞株比较,均无显著性差异(P>O.05)。
大肠癌相关抗原Ca-Hb3经质谱鉴定为CKAP4相似蛋白,分子量62.02KD。该蛋白有1个疏水区、1个跨膜区、5个卷曲螺旋结构、4个糖基化位点和49个磷酸化位点,属于a结构类蛋白,与P63蛋白序列高度同源。而P63的亚型DeltaNp63 a被认为是个潜在的致癌基因,表达特性与Ca-Hb3相似。
结论:
1.CRC-L-10经生物信息学分析为大肠癌相关抗原基因,然而经半定量RT-PCR鉴定为泛表达基因;
2.抗人大肠癌单克隆抗体Hb3识别的大肠癌相关抗原Ca-Hb3可能为CKAP4相似蛋白,属于P63家族中的DeltaNp63 α亚型。