玉竹是湖南邵东的传统道地药材，自清乾隆时期至现在已有近300年的种植历史。邵东作为国家科技部玉竹规范化种植研究示范基地和湖南省科技厅玉竹规范化种植示范基地，由于长期的自然选择和人工选择，已形成了极其丰富的种质资源，特别是近年来广大科技人员和药农在实践中已精心选育了一系列的优质高产品种。而对玉竹品种进行鉴定、对种质资源进行评价，选育优良品种并进行推广则是科技人员一项长期而艰巨的任务。用传统的形态学方法开展上述工作往往受环境、植株生长发育阶段以及科技工作者认知能力等方面的影响，对形态学差别很小的玉竹品种要开展这方面的工作困难较大。而利用分子生物学方面的技术，对玉竹品种从DNA分子水平上来进行检测和研究则可得到弥补。本研究采用ISSR 分子标记技术，通过对反应体系的优化，PCR扩增后获得了清晰的电泳谱带，适用于玉竹品种的鉴定和遗传多样性的分析。这为广大科技工作者在玉竹品种鉴定和培育研究中提供了又一有力工具。主要研究结果如下：　　 1、采用改良的CTAB提取法对富含多糖的玉竹根茎基因组DNA 进行提取，结果获得了纯度较高的DNA。这一方法适宜推广至类似玉竹这类富含多糖成分的根及根茎类中药材基因组DNA 的提取。　　 2、依据PCR 反应体系的组成和扩增条件，对影响扩增结果的一些重要参数采用单因素多水平实验和正交实验进行体系的优化，建立了稳定的适用于玉竹品种鉴定和遗传多样性分析的ISSR-PCR体系。　　 3、按建立的ISSR-PCR 体系对供试材料进行扩增，结果10条ISSR引物扩增出125条谱带，多态位点百分率为92.8％，香农多样性指数( I )为0.5285，每个位点的有效等位基因数平均（Ne）是1.6248。扩增结果表明，玉竹不同品种间具有较高的遗传多样性。　　 4、基于Nei遗传距离的UPGMA聚类结果表明：利用ISSR分子标记可容易地将在形态学上难于鉴别的黄精和玉竹区分，同时也可将不同品种的玉竹得以区分，这为玉竹在商品药材中的鉴定和品种选育方面提供了分子学上的依据。