长非编码RNA（long non-coding RNA,lncRNA）是指长度大于200 bp并且不能编码蛋白质的RNA。生物测序技术突飞猛进的发展,使人们可以在各物种中不断地发现lncRNAs的存在。经过近几年对lncRNAs的研究,几种lncRNAs在哺乳动物中的作用机制逐渐清晰明了,而在植物中的研究则指出lncRNAs在植物的发育、生殖及应激反应中有着重要的调节作用。本课题对桃果实采后不同温度下的lncRNAs进行了分析和研究,这是首次对桃果实采后进行lncRNAs的深入研究。为了研究桃果实在不同温度下衰变过程中lncRNAs与桃果实表型变化及其可能的分子机制的联系,该课题对桃果实在不同温度下的基因转录组进行分析,通过采用高通量测序及生物信息学算法研究桃果实不同温度下lncRNAs的基本特征、表达水平、同miRNA的靶标位点预测及分析lncRNAs同其邻近基因的表达关系,希望得出具同温度变化有关的lncRNAs。试验共测得了桃果实分别储存在5℃,15℃,25℃,35℃下的第1天,第2天,第3天,第5天,第6天,第7天共48个样本（每个时间点两个重复）的转录组链特异性RNA-seq数据。根据lncRNAs基本定义结合cufflinks,CPC,Pfam等软件对所有转录本进行筛选,最终得到1890个lncRNAs,其中1585个intergenic lncRNAs（lincRNAs）,305个antisence lncRNAs（anti-lncRNAs）。通过对筛选到的lncRNAs同桃基因组中的编码蛋白基因进行比较分析,发现lncRNAs的平均长度要比桃果实编码蛋白转录本的短（lincRNA平均长度为986 bp,anti-lncRNAs为1097 bp,桃基因为2067 bp）,含有较少的外显子个数（lincRNA平均2个,anti-lncRNAs平均4个,桃基因平均5个）,且桃果实中大于48%的lncRNAs拥有两个或以上剪接体。经过预测发现桃果实中过半的lincRNA与桃子的miRNA有相关的靶标位点,这可能是lincRNA具有潜在转录或者切割方面功能的结构基础。利用lncRNAs和桃果实编码蛋白基因的RNA-seq数据结合关联推定法预测得到,在5℃下lncRNAs共表达基因功能富集在细胞组分解体,膜组织机构和细胞周期途径几大类,而在35℃下,lncRNAs共表达基因的功能富集则在外界、生物、刺激应答,抗氧化酶活、酶抑制因子活性等方面。我们研究了不同温度下的lncRNAs的差异表达,发现在35℃特异性上调lncRNAs的共表达基因功能富集在绑定,氧化还原途径、酶活及几丁质代谢等方面,其中氧化还原途径和几丁质代谢同桃果实的褐变和软化过程相一致。这可能是高温引起了桃果实的应激反应从而产生了一些应答高温胁迫的lncRNAs。我们的结果有望为进一步研究桃果实中lncRNAs同软化和衰败的关系和分子机制提供理论基础。