在激烈的全球化竞争的市场环境下，市场的竞争不单单是指单个企业之间的竞争，而更多的是供应链之间的竞争，为了发挥供应链成员各自的核心竞争优势，供应链联盟合作逐渐成为一种趋势。本文研究的出发点来自于化工行业供应商和制造商组成合作联盟的真实案例，在相关理论研究基础上，从供应链产能投资和创新投入两方面对案例中的供应商和制造商联盟合作机制进行了建模分析，阐述联盟最优决策的制定方式和联盟对整个供应链的影响。针对制造商为供应商提供产能投资的情况，本文研究了由一个供应商和两个制造商构成的二级供应链，市场需求环境为确定型需求。在联盟情况下，其中一个制造商为供应商提供产能投资，参与供应商的收益分成，并且享有优惠的供应价格，考虑了两种决策方式：分散式决策和集中式决策。根据不同的决策方式建立二阶段博弈模型，计算供应链联盟最优决策。对比了联盟与不联盟情形下供应链各方的收益，通过数值求解分析了不同需求弹性系数和融资成本系数对模型结论的影响。针对制造商参与供应商创新研发投入情况，本文建立了一个供应商和两个制造商构成的二级供应链模型，在确定型需求环境下进行研究。联盟中联盟制造商参与供应商的研发创新投资，降低供应商的生产成本，并从研发创新的技术溢出效应中获得自身生产成本降低。同样根据不同的决策方法建立二阶段博弈模型，求解最优决策并通过数值分析得出以下结论：合作研发投入促进供应链整体研发投入，拥有研发技术的供应商将获益更多，同时过高的研发投入比例将不利于合作方的利益也不利于联盟的稳定发展。