禾谷类作物对于人类，尤其是亚洲大陆的居民来说是不可缺的重要食材。而胚乳作为谷类作物种子的重要组成部分，其中含有丰富的蛋白质，氨基酸，淀粉等等一系列人体必须的营养物质。因此进行胚乳性状的分析研究，对禾谷类作物产量提高和品质改良是至关重要的。胚乳性状的遗传构成与普通二倍体植物不同，是由两个极核和一个精核结合发育形成的三倍体，因此胚乳的遗传成分更为复杂。胚乳性状QTL可分解出三种遗传效应：加性效应，第一显性效应和第二显性效应。目前，虽然很多学者提出了各种QTL定位研究方法，然胚乳性状QTL上位性研究还较少。　　本研究根据胚乳性状三倍体倍性特点，提出了两种胚乳性状QTL定位的研究方法，即：在谷类作物 BC1.1（以 F1为父本，P1为母本的回交一代），BC1.2（以 F1为父本，P2为母本的回交一代）和F2群体中，基于多元方差分量模型对胚乳性状QTL主效应进行研究；基于不同先验分布（逆卡方先验和指数先验）的经验贝叶斯（E-bayes）统计方法，对胚乳性状 QTL的上位性研究，并通过计算机模拟加以验证。主要内容如下：　　1.对于胚乳性状QTL主效应分析，假设在同一环境下，随机效应（加性效应，第一显性和第二显性）具有相同的方差，且与环境方差成比例，由此提出基于多元方差分量模型。仿真模拟研究表明，基于多元方差分量模型能够准确地定位各个QTL位置，并且有效地对胚乳性状QTL加性效应，两类显性效应（第一显性效应和第二显性效应）进行无偏估计。　　2.对于胚乳性状 QTL的上位性分析，基于两种不同先验分布的经验贝叶斯（E-bayes）方法。第一种是利用逆卡方先验的E-Bayes方法进行胚乳性状QTL上位性分析，分别利用坐标下降法和分块下降法进行研究。第二种利用指数先验的E-Bayes方法进行胚乳性状QTL上位性分析。研究结果表明，基于经验贝叶斯方法的胚乳性状QTL上位性研究，无论基于哪种先验分布，皆能准确有效地定位各QTL，同时较好地估计出QTL的各种遗传效应。