2006年2月3日台湾地区“法院组织法”修订后,特侦组正式成为台湾“最高法院检察署”的内设机构,专门负责侦查起诉“政府”高级官员的贪污腐败犯罪、重大选举违法犯罪以及特殊重大贪渎经济犯罪、危害社会秩序的犯罪。其前身是成立于2000年7月1日的台湾“高等法院检察署”查缉黑金行动中心特侦组。同时,修订后的“法院组织法”还规定特别侦查组检察官执行职务时,可以执行各审级检察官的职权。特侦组检察官可以根据案件的性质和法律规定的管辖原则,分别行使一、二、三审检察官的职权。特侦组检察官也不受辖区的限制,一般检察官在行使职权时,除遇有紧急情况或法律另有规定的情形外,只能在其所属检察署管辖区域内行使职权,而特侦组检察官行使职权并无具体辖区的限制,特侦组检察官可以跨越不同辖区向案件的该管法院行使职权。在这两个视角下,可以说特侦组检察官是一种特别检察官。设置特侦组的目的,一是要打破辖区和审级的限制,以“最高检察机关”内设机构的法律地位,将特侦组定位在检察体系中顶点,确保特侦组办案的公正性、独立性；二是组建高层次的专业化侦查机构,以打击目前朝向企业化、结构化、复杂化发展的新形势犯罪；三是以团队办案的方式克服检察官独任办案、单打独斗的传统办案方式的弊病,提高侦查质量,同时在新、老检察官之间实现经验传承。但是,在特侦组的实际运行中,仍会面临诸如领导人特权、检察一体化下的内部干预等问题,特侦组想要独立并公正地实现对所管辖案件的查办、追诉,也并不轻松。