凡纳滨对虾（Litopenaeus vannamei）是国际上重要的虾类水产食品之一,也是我国重要的养殖品种,但病害频发,养殖成功率仅20%-30%。化学药物控制其病害可导致药残及耐药性,因此,寻求一种绿色环保的方法成为必然。乳酸菌、蛭弧菌、光合细菌为良好的益生菌,具有促进生长、改善水质作用。本研究以凡纳滨对虾虾苗为研究对象,以乳酸菌、蛭弧菌、光合细菌为试验菌株,利用传统细菌学、微生物组学、代谢组学研究手段,比较了它们对虾苗及其肠道菌群的影响。（1）比较了乳酸菌、蛭弧菌和光合细菌对凡纳滨对虾虾苗生长表现、水质、水体以及肠道菌群的影响,发现蛭弧菌和光合细菌可净化水质,降低水体中NO2-N、NO3-N含量。乳酸菌和蛭弧菌均可提高虾苗存活率和生长性能,且蛭弧菌对虾苗体重增长的促进作用强于乳酸菌,但光合细菌则无此作用;复合应用时,乳酸菌和蛭弧菌复合效果在存活率及增长率上均差于蛭弧菌,乳酸菌和光合细菌的复合效果优于乳酸菌。（2）运用微生物组学的高通量测序技术,比较了乳酸菌、蛭弧菌、光合细菌对虾肠道菌群结构的影响。Alpha多样性分析表明,乳酸菌、蛭弧菌和光合细菌均可调节虾肠道菌群结构,增加肠道菌群丰富度和多样性,且蛭弧菌对肠道菌群的调控能力要依次强于乳酸菌和光合细菌。门分类水平上菌群结构分析表明,乳酸菌和蛭弧菌通过影响拟杆菌门和厚壁菌门二者间的比例,促进虾体重增长。属分类水平菌群结构分析表明,蛭弧菌对弧菌具有较好的控制作用。进一步统计分析益生菌类/功能性菌类和致病菌类在菌群中的占比,揭示了乳酸菌和蛭弧菌对致病菌的控制作用和对益生菌的促进作用,且蛭弧菌作用效果强于乳酸菌。预测功能分析表明,乳酸菌和蛭弧菌通过调节与基础生命活动相关的功能丰度,如能量生产与转化[C]、氨基酸转运和代谢[E]、碳水化合物的运输和代谢[G]、脂质运输和代谢[I],以及与抗病性相关的功能,如细胞骨架[Z],进而促进虾的生长、提高其存活率。肠道菌群与虾生长参数的Pearson相关性分析揭示了一些特定菌群与虾生长性能之间的关联,如Alphaproteobacteria与BW、PTWG、TWG呈显著正相关;Saccharimonadales和Sphingobacteriales分别各自与BW、BL呈显著正相关;Vibrionales和Vibrio与SR呈显著负相关。（3）利用LC-MS代谢组学研究方法,比较了乳酸菌、蛭弧菌和光合细菌影响对虾（PL4-5）肠道代谢物的差异,发现这3组试验组与对照组之间显著富集里的差异代谢物各不相同,如乳酸菌组与对照相比,二氢神经酰胺上调,L-酪氨酸、L-苯丙氨酸、L-色氨酸等下调;蛭弧菌组与对照相比,L-精氨酸、硬脂酸、乙酰肉碱均上调;光合细菌组与对照相比,5-羟基-L-色氨酸上调,乙酰肉碱、黄嘌呤下调。部分差异代谢物与虾的存活率及生长能力有关,如L-酪氨酸和L-苯丙氨酸参与与虾生长相关的通路有蛋白质的消化吸收、氨酰基t RNA的生物合成,二氢神经酰胺参与虾生长相关的通路为鞘脂信号通路,L-精氨酸参与沙门氏菌感染通路。光合细菌未对与生长相关的差异代谢物产生直接影响。代谢组学与微生物组学的关联分析表明,差异代谢物与菌属之间存在显著相关,如L-Glutamic gamma-semialdehyde与Erythrobacter呈显著正相关,L-Phenylalamine与Pseudomonas呈显著负相关,Stearic acid和Xanthosine皆与Ruegeria呈显著负相关。综上可知,乳酸菌、蛭弧菌皆可通过调节肠道菌群结构,进而影响代谢物,最终对机体的生长性能产生影响。在三种益生菌中,仅蛭弧菌对弧菌具有较好的控制作用,由此提示蛭弧菌或可替代化学药物,成为一种绿色环保的控制病害的方法。同时,蛭弧菌对虾生长尤其是体重增长的促进作用尤为明显,且单独使用效果最佳;乳酸菌对虾苗体长的促进作用较强,与光合细菌复合使用则可改善水质。本研究结果为虾类养殖绿色生产及“从农田到餐桌”的食品安全提供了一定的理论依据,具有一定的现实意义。