水稻是世界最重要的栽培粮食作物,养活了世界近一半的人口。水稻的大多数性状如产量、品质、抗逆性等多为数量性状,因此对数量性状基因位点（QTL）进行鉴定在水稻遗传育种上具有重要意义。遗传图谱和数量性状的作图方法是进行QTL定位的基础,因此遗传图谱的准确性和采用哪种作图方法进行QTL定位则是影响定位位点准确度的二个重要因素。 本研究以培矮64S（缩写为PA64S）×日本晴（Nipponbare,以下简称NIPP）的F₂群体为作图群体,构建了一张水稻SSR连锁图,比较了该图与Temnykh和日本晴序列图的异同。应用目前常用的区间作图法（IM）、复合区间作图法（CIM）、基于混合线性模型的复合区间作图法（MCIM）和多重区间作图法（MIM）对该群体株高性状进行了QTL作图比较分析。其主要结果如下: 1、以（培矮64s/日本晴）F₂180个单株为作图群体,选用515对SSR引物在培矮64s和日本晴间进行多态性检测,有155对引物在双亲间表现明显多态性,以此构建了包含137个SSR标记的水稻连锁遗传图谱,该图谱覆盖基因组2046.2cM,标记间平均距离17.1cM。 2、该图谱包含有85个Temnykh等图谱上的SSR标记,其中有82个标记被定位于相同的染色体上,绝大多数标记在2张图谱上的线性排列顺序相同。进一步与日本晴基因组序列进行比较,137个标记中有113个标记能确定在基因组序列图上,有111个SSR标记所在的染色体编号与序列图染色体编号相同,所覆盖的物理距离为289.7Mb,标记间平均物理距离为2610.0Kb。 3、绝大多数SSR标记在遗传图谱和序列图谱上的线性排列顺序相同,其中第1、2、3、8染色体上的标记线性排列顺序与序列图谱上的线性排列顺序完全相同。 4、应用区间作图法（IM）、复合区间作图法（CIM）、基于混合线性模型的复合区间作图法（MCIM）和多重区间作图法（MIM）对水稻杂交组合（培矮64S×日本晴）F₂群体株高性状进行了QTL作图分析。结果如下: （1）在同一显著水平下（α=0.0023）,4种方法共发现了10个QTLs,其中IM