梨是重要的温带果树树种,分布范围遍布世界各地,由于其广泛的生态气候适应性和自交不亲和性,表现出丰富的种质资源和遗传多样性,尤其是近百年来的人工选择和育种使得种质资源杂交重组,选育出了更多新的杂交品种,利用传统的多样性鉴定手段已经无法满足对大量梨品种资源的鉴定需求,而分子标记技术在种质资源鉴定上表现着巨大的优越性。因此,本研究利用梨的分子标记开展了我国梨传播路径的初探、梨和苹果的远缘杂交种鉴定,以及近源物种樱桃的种质资源亲缘关系鉴定,为梨和樱桃的种质资源发掘利用和育种研究提供了极有价值的参考,具体结果如下:1、为探究我国梨的传播路径,通过查阅古今文献,结合运用历史学、分子生物学等多学科的理论和方法,对我国梨的传播路径进行探究并作出推测:梨起源于我国西南,传播早期主要是依靠水流、风力等非生物因素,以及爬行动物和鸟类等生物因素进行传播。我国两条孕育着原始农业的重要河流是长江和黄河,梨果由于其可食用性可能被人类携带,从我国西南向东部传播。本探究对长江、珠江流域75个地方品种进行全基因组重测序,通过遗传群体结构特征,验证了梨从我国西南沿长江流域的传播路径。同时,发现日本砂梨遗传背景与我国长江流域的砂梨相似,可能起源于共同祖先。2、为鉴定311株梨和苹果的远缘杂交种,研究利用特异分子标记技术,基于梨和苹果的特异基因序列片段开发特异性引物,结合PCR技术,筛选出只在梨或是只在苹果中能扩增出特异条带的7对特异引物,通过苗期鉴定,成功鉴定出7株梨和苹果的远缘杂交种（占2.3%）,其中‘红星’ב考密斯’1株;‘金冠’ב砀山酥梨’3株;‘富士’ב考密斯’3株。3、为探究梨的SSR引物能否应用于樱桃品种亲缘关系鉴定,研究利用已开发的6对梨的SSR引物,对46个樱桃品种进行鉴定,明确了 46个樱桃品种的亲缘关系。46个樱桃种质间的相似系数分布在0.65-0.98之间,研究表明梨的SSR引物能应用于同属蔷薇科物种的樱桃品种亲缘关系鉴定,标记有一定的物种间可转移性。