随着知识经济和信息时代的到来，我国高等教育发展面临着重要的机遇和挑战，大学必须要提升自身竞争力，实现快速、协调、持续发展。当前我国高等教育的宏观结构调整基本完成，而如何建立符合社会发展需要以及国际化高等教育的变化要求的高水平研究型大学就成为了我国目前高校改革的关键任务。研究型大学特别是高水平研究型大学的建设，可以加快我国创建世界一流大学的进程，提高我国的国际竞争力，促进我国综合国力的快速发展。然而，由于我国长期的计划经济体制给高等教育带来的弊端，传统的高校组织结构已经严重束缚和阻碍了高校的快速发展，如层级结构不够科学；行政化现象严重；协调机制不健全：基层学术组织体制呆板、职能狭窄等诸多问题的存在，统统都制约了研究型大学尤其是高水平研究型大学的发展。而高水平研究型大学发展过于缓慢的话，就不能满足高等教育国际化，高水平化的社会要求，则必将影响到我国高等教育的兴衰，从而关系到我国科教兴国战略的实施。所以，如何优化我国高水平研究型大学的组织结构，从而提高我国一流高校的整体管理水平，就成了当前迫切需要研究和解决的问题。本文从组织结构的基本理论出发，首先分析和界定了组织结构、(高水平)研究型大学等相关概念及理论；其次，介绍了美国及我国高水平研究型大学组织结构的特征，从中比较得出了我国高水平研究型大学组织结构中存在的各种问题，并提出了组织结构与管理优化的初步设想。再次，分析归纳了世界著名的加州大学、斯坦福大学以及我国高水平研究型大学的代表北京大学等国内外高水平研究型大学组织结构与管理优化的成功经验，并以我国浙江大学为个案进行了初步设想的应用。同时，在本文的最后提出了当前我国高水平研究型大学组织结构与管理的优化的基本理念、基本原则及优化方略，并创造性的提出了我国高水平研究型大学组织结构与管理的基本模型。