在现代化的城市建设过程中，流域是城市群中的绿色生命带，是城市生态系统的重要组成部分。随着社会经济改革开放的逐步深入，流域两岸城市经济的迅速发展和城镇化步伐的加快，产生大量的生活污水和工业废水，在没有达到排放标准的情况下就进入流域河道内，造成水质恶化，河道生态系统遭到破坏。为了流域生态环境的持续健康发展，对流域生态补偿问题亟需进行研究并逐步付诸于实践。　　本文在充分阐述流域生态补偿的相关概念和补偿原则及原理的基础上，针对小清河的状况进行研究分析。小清河位于山东省腹地，流经济南市的东北部，该地区是济南的经济、政治、文化和科技的中心，流经淄博、滨州、东营、潍坊等省内重要的工业地区。近几十年来，小清河流域的水资源环境受到严重的破坏，流域河道内的水资源环境常年劣于五类水质，严重影响到沿岸人们的生活。小清河流域生态补偿标准的确定是小清河生态补偿实践一个关键环节，首先确定小清河的淄博段和滨州（博兴）段之间的补偿主体、补偿方向，然后基于水质水量两个方面对补偿额度进行计算，上游淄博段应当向滨州支付补偿14023.8万元。选择适宜小清河流域的生态补偿方式和途径，针对小清河的生态补偿现状提出具可操作性的措施，对小清河综合治理和水资源整治具有重要参考价值。