线粒体DNA是研究鸟类分子进化的理想的分子标记,鸟类线粒体DNA的研究在种群遗传学和进化遗传学方面越来越显示出重要的作用。利用PCR方法扩增雀科15种鸟类以及猛禽类13种鸟类线粒体基因组中3个主要的tRNA基因簇:IQM (tRNAIle-tRNAGln-tRNAMet)、WANCY(tRNATrp-tRNAAla- tRNAAsn- tRNACys-tRNATyr)和HSL(tRNAHis-tRNASer(AGY)-tRNALeu(CUN)),测序后分别探讨雀科和猛禽类(结合GenBank已登陆的游隼和普通鵟相应序列)鸟类的分子系统进化。通过比较这些tRNA基因序列和二级结构差异,发现核苷酸变异主要出现在环区,且存在插入缺失。茎区相对保守,其中一些变异如双链的互补性碱基突变、G-U配对等对于维系tRNA二级结构的稳定性非常重要。利用11种线粒体tRNA基因全序列和茎区序列分别构建了的雀科和猛禽类物种的 NJ树和MP树,其中基于全序列的系统发育树分支具有较高的自引导值, 因此该数据集所反映的系统发育关系可能更接近真实水平。比较物种间tRNA基因二级结构发现,部分tRNA基因中的核苷酸插入和缺失特征在科水平具有共同衍征,提示这些特征对于猛禽类科间系统发育关系具有较高的参考价值。此外,本研究测定了鸻形目17种鸟类线粒体调控区序列,发现在碱基组成和进化速率上与其它鸟类相似,但其3’末端的串联重复序列导致domain III长度且A含量显著增加;利用调控区序列未能较好的解决鸻形目属以上水平的分类,但对于解决属内物种间的进化关系具有一定的参考价值。