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大花序桉（Eucalyptus cloeziana F.Muell.）属桃金娘科桉属常绿乔木,原产于澳大利亚昆士兰州,具有重要的用材和生态价值,被列为我国珍贵用材树种。我国自上世纪80年代开展大花序桉种源试验研究,但目前我国对大花序桉育种资源的利用仍然处于初级阶段,育种资源遗传背景尚不清晰,良种效益低。建立有效的分子标记技术,评估大花序桉现有资源遗传关系,筛选和构建核心种质资源,是推动大花序桉遗传改良及提高良种繁育效率的重要环节。本论文通过分析大花序桉顶芽转录组序列SSR位点特征、开发大花序桉EST-SSR标记以及检测其在近缘种间通用性,基于自主开发的20对荧光标记EST-SSR多态性引物对广西东门林场19个种源118个家系448份大花序桉样品基因分型,分析大花序桉种质资源遗传多样性,探究家系试验林群体的遗传结构,采用混合抽样和分层抽样两种策略构建大花序桉资源的核心种质群体,为今后大花序桉家系遗传改良和分子育种研究提供一定理论依据。主要研究结果如下:（1）利用MISA软件对大花序桉顶芽转录组全部26587条Unigenes分析,共获得12366个SSR位点,SSR发生频率较高（46.51%）,共含116种SSR重复基元类型;从符合引物设计参数且引物片段长度≥20 bp的低重复基元类型中随机选取150条序列合成引物,可扩增出清晰且符合预期条带大小的引物共89对,扩增效率为59.33%。选取多态性较高且条带清晰的30个大花序桉EST-SSR标记对来自大花序桉种源家系试验林（n=44）和子代试验林（n=38）两个群体进行遗传多样性检测和评价,其中26个标记的PIC值超过0.500,显示出较高水平的多态性;30ge大花序桉EST-SSR标记在近缘桉树中的扩增率从大到小依次为细叶桉（97%）、赤桉（90%）和尾叶桉（90%）、巨桉（83%）、窿缘桉（80%）、粗皮桉（50%）、柠檬桉（47%）和大叶桉（27%）,且大花序桉EST-SSR标记在近缘种间的扩增差异能够间接反映参试桉树种间的相对遗传距离;最终以多态性、稳定性较高20个EST-SSR标记用于后续分析。（2）20个EST-SSR标记对大花序桉19个种源118个家系448份样品进行基因分型,共检测到405个等位基因,其变化范围为10（EC-e064）～32（EC-e003）之间,平均每个位点为20.25,SSR位点多态信息含量（PIC）均值为0.840,表明所用多态位点信息丰富;参试大花序桉试验林基因多样度较高,期望杂合度（He）、观测杂合度（Ho）以及香农信息指数（I）分别为0.855、0.744和2.310;大花序桉19个种源中,共有16个种源都表现为期望杂合度（He）高于观测杂合度（Ho）,绝大部分种源F值为较低的正值,意味着大花序桉试验林群体存在较低的杂合子不足;结合香农信息指数（I）和期望杂合度（He）两个重要遗传参数表明,D47（B47）种源遗传多样性最为丰富,其次为S5200和S14127种源,S14212种源和S10104种源的各项遗传参数均为最低。（3）分子方差分析（AMOVA）结果表明,大花序桉种源试验林群体96.73%的变异发生在种源内,种源间遗传分化不明显（Fst=0.037）。基于个体共祖度分析,448份样本划分为3个共祖群,与原产地地理分布有一定关系,如同属高海拔地区的S14212、S14217、S19155和S19157四个种源的个体共祖度较高,种源间交流频繁;基于种源间遗传距离对大花序桉19个参试种源进行UPGMA聚类,可将种源划分为三大类群,与利用个体遗传距离进行的NJ系统发育树构建划分为3大类群结果相似。类群1包含的数量最多,其中D47、B85等5个来自广西东门林场早年引种种源试验林子代（从种源试验林采种育苗）群体和来自昆士兰州北部的S5200、S14127和S4642等8个种源主要聚集在该类群;类群2包含数量较少,其中来自昆士兰州穆里根山（Mount Mulligan QLD）的S10104种源全部个体聚集在该类群;类群3主要包含来自昆士兰州南部沿海地区的S4355、S4363、S4367、S4369和S11194共5个种源。（4）基于R包corehunter构建大花序桉核心种质,采用随机重复取样（100次）原理对不同取样量（200个样本内每隔10个样本取一次,超出200部分间隔10%取一次样）下获得的样本计算遗传多样性参数,并基于参数随样本量的变化确定了核心育种群体规模为82。并基于该样本量利用混合抽样（不区分种源）和分层抽样（以种源为单位分别抽样）两种策略构建了核心种质群体。对比构建的两个核心群体与原始群体发现,核心种质遗传多样性显著高于原始群体,且基于混合抽样获得核心种质多样性指数（I=2.46）,期望杂合度（He=0.89）,基因频率均匀度指数（E=0.78）略高于分层抽样核心种质的相应指标（I=2.39,He=0.88,E=0.77）,表明构建的核心种质在较好代表原始群体多样性的同时,极大的剔除了原始群体的冗余种质。