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目的：中国新疆和甘肃两个地区的结核病患病率高于全国平均水平，属于结核病高负担地区，因此本研究对这两个地区流行的结核分枝杆菌谱系分布特征进行研究，从而为制定新的结核病预防和控制策略提供科学依据。 方法：采用长序列多态性（Large sequence polymorphisms，LSP）技术对来自中国西北两地区-新疆、甘肃187株结核分枝杆菌进行谱系鉴定；采用标准15位点分枝杆菌散在重复单位-数目可变串联重复序列（ variable number tandem repeats, VNTR）基因分型方法对各谱系结核分枝杆菌进行基因分型，基于不同谱系结核分枝杆菌15-VNTR结果采用 BioNumeric5.0软件构建最小生成树（Minmal spanning tree）以模拟群体遗传结构，选取最小生成树每个分支上的主要节点作为两地区遗传代表性的菌株，将两个地区的代表性菌株按照参考文献设计对其进行多位点序列分析（ multi-locus sequence analysis，MLSA），即对所选择的代表性菌株的89个基因按照参考文献设计引物进行PCR（Polymerase Chain Reaction），将纯化后的PCR产品送与华大基因公司通过ABI3730XI automated sequencer（Applied Biosystems）进行测序，结合参考文献中的108株结核分枝杆菌的89个基因序列，最终共118株结核分枝杆菌的89个基因序列用贝叶斯分析方法（MrBayes v3.2.4）和最大似然法（PHYMLv3.1）构建系统进化树；并比较两个树之间的拓扑结构；结合菌株所对应的患者基本信息资料，用Logistic回归分析不同谱系与人口动力学特征及病人的临床症状之间是否存在的联系。 结果：通过LSP技术鉴定发现新疆地区流行的结核分枝杆菌分为三个谱系，分别是42.1％（56/133）东亚谱系（Lineage2）、33.1%（44/133）欧美谱系（Lineage4）、以及24.8%（33/133）东非印度谱系（Lineage3）；甘肃地区流行的结核分枝杆菌分为两个谱系，分别是87%（47/54）Lineage2、13%（7/54）Lineage4。根据新疆和甘肃地区LSP结果及15位点VNTR结果，通过软件BioNumeric5.0构建三个谱系最小生成树选择共10株代表性菌株，本研究中所纳入的10株菌株89个基因序列与参考文献中108株菌株89个基因序列结合，共118株菌株的89个基因序列用贝叶斯分析方法所构建系统进化树的拓扑结构与最大似然法构建系统进化树的拓扑结构相一致，两个系统进化树将118株结核分枝杆菌划分为六个主要分枝，并与LSP所鉴定结果相一致。通过Logistic回归分析，在维族病人中，发现具有发热症状的Lineage2患者优势比是没有发热症状患者的4.19倍（p=0.00177），咯血/血痰症状的Lineage2患者优势比是没有咯血/血痰症状患者的3.36倍（p=0.04079）。在汉族病人中，咯血/血痰症状的Lineage2患者优势比是没有咯血/血痰症状患者的1.425倍，具有发热症状的Lineage2患者与没有发热症状患者的OR值为1。 结论：本研究对中国新疆甘肃两地区流行的结核分枝杆菌谱系分布特征进行了详细的报导，因此当地结核病工作者应针对新疆与甘肃地区各自流行的结核分枝杆菌谱系分布特征，为两个地区选择合适的分型技术，将其应用于结核病预防控制实际工作的过程中，达到有效地追踪传染源及查证传播途径的目的；LSP技术用于结核分枝杆菌谱系鉴定是稳定可靠的；在维族人群中，Lineage2结核病患者与临床症状-发热、咯血/咳痰存在联系（p<0.5）；在汉族人群中，Lineage2结核病患者更倾向于发生咯血/咳痰症状。