实物期权是一个基于期权定价基本思想,管理不确定性的思维方式。自产生以来,实物期权理论已广泛地应用于自然资源投资、企业高新技术项目投资、R&D投资决策等涉及某些特殊资本预算的研究领域。新药研究开发是具有高成本、高风险、高收益特征的系统工程,而且由于药业研发项目受政府管制比较严格,从研发到上市这个漫长的过程中充满着巨大的不确定性,例如:技术的不确定性,市场需求的不确定性,有效专利期的不确定性等。与传统的决策方法相比,实物期权方法能够更有效地对其进行决策分析。对这一方面的研究不仅能使我们紧跟和参与管理科学的前沿研究,而且在实践中有利于提高我国药业等高新技术产业的国际竞争力。本文在分析了药业研发项目的特点的基础上,针对药业研发项目受到政府管制比较严格这个特点,用实物期权方法首先分析了专利有效期的不确定性对药业研发项目的影响,发现专利可能被强制公开将会提高项目即将投资时的临界价格,从而会阻碍投资,同时我们还分析了相关参数对投资决策的影响,并提出对这些项目,国家可以通过给予其更长的专利保护期限或在紧急情况解除后,提供充分的专利保护等措施来对这类企业进行补偿;接着我们分析了药业研发项目的市场不确定对投资决策的影响,并且发现当市场需求大幅度增加时,政府对其施加价格控制并不会阻碍投资,从而能够实现公众健康和企业利益的平衡。