本论文通过对区域差异与区域趋同、区域分工与合作、区域一体化等基本概念界定，在对区域经济发展相关理论述评的基础上，采用理论与实证相结合的分析方法，对区域合作的基础、条件、评价体系，区域合作的路径与机制等问题进行研究。论文对深圳、香港——一个是我国经济总量与规模最大的经济特区，一个是我国最大的特别行政区，这两个毗邻都市经济体之间的经济合作(economic integration)，进行实证分析，论证深港在各自比较优势基础上如何互补合作，实现深度一体化。论文首先界定区域差异与区域趋同、区域分工与区域合作、区域经济一体化与区域化等基本概念。在相关文献的基础上，对区域分工理论、区域发展理论和区域经济合作理论、区域合作的必要性，以及我国区域经济合作的实践进行回顾与分析。在回顾与评述的基础上，提出本论文的研究内容与基本思路：区域分工与区域合作，区域发展与经济一体化等均是区域经济研究的基本范畴，促进区域经济发展应当充分发挥各自比较优势，在专业化分工基础上推动经济一体化，实现区域区域经济统筹协调发展。在评述基本理论基础上，论文分析我国区域经济统筹协调发展格局下的深港经济合作，分析了深港经济合作的背景与趋势、深港区情以及深港经济合作的历史进程、重大意义，以及合作的普遍性与特殊性、目标定位与宏观指导等进行分析。论文在区域经济学、发展经济学等相关理论基础上，通过分析深港区情，根据区域经济一体化的运行规律、基本特征，探讨深港经济寻优合作这一重要理论课题。论文认为，深港经济寻优合作须从要素寻优合作、产业寻优合作、区域空间创新与空间寻优合作三方面来充分展开。在合作过程中，制度安排与合作机制建立也处于关键地位。经济深度一体化，是深港经济合作与发展的客观需要与终极目标。论文认为，深港分别作为经济增长极之一，经济发展背景、水平及要素生产模式存在较大差异。20多年来，两大都市圈经济体在“自下而上经济一体化模式”的推动下进行了广泛整合，但经济二体化程度仍然偏低。从未来发展上看，深港经济区经济体必须以全球市场为坐标，成为一个拥有巨大经济规模、集聚创新要素、具有核心竞争力的世界级都市圈。论文认为，在国家“十一五规划”首次将香港纳入五年计划之内后，毗邻而居的深港两地必然走向要素的更自由流通，产业结构更高层次的互补与优化，走向更深入的经济融合。深港经济区作为我国处于萌芽期的知识型区域，两地合作更有利于优要素集聚与组合，有利于优质资源的配置效率(allocative efficiency)提高，有利于帕累托更优(Pareto efficiency)的形成。论文认为，香港是一个独立的小型经济单元，其经济发展既有与其他地区所共有的普遍规律性，又有着自身特殊规律性。运用区域经济学及经济地理学等学科的基本理论及方法来研究香港经济，是客观认识香港经济及其发展规律性的根本途径。深圳作为我国经济总量与规模最大的经济特区，其经济发展和运营有自身特色。深港经济合作，既具有普遍性又具有特殊性。在制度安排与合作机制方面，深港须以现有制度安排为基本点，适度超前，将政府主导“自上而下一体化”模式，与市场导向的“自下而上一体化”模式充分结合，力避“非合作博弈”(noncooperative equilibrium)，促成区域创新空间的形成。双方以高科技合作、知识与智慧共享为核心，整合各类创新要素，形成创新资源、知识型资源集中、创新活动活跃的区域合作共同体，力争成为亚太区内“知识与技术、智力与智慧的集聚带”。