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棉秆是新疆最主要的农副产品，提高棉秆还田的降解率是解决棉秆资源浪费的有效途径。本试验选择两种对纤维素和木质素降解率较高的菌种，并通过与市场上对秸秆降解效果较好的菌剂进行对比，验证其降解效果。以棉秆纤维素和木质素含量作为测定指标研究棉秆在施加营养液和碱预处理方式下几种菌剂对棉秆降解效果。证明嗜热性侧孢霉和白腐真菌对棉秆的降解效果优于现有商品化的复合菌剂。在碱预处理并施加营养液条件下，嗜热性侧孢霉对棉秆纤维素的降解效果最好，降解率为30.54％;而白腐真菌则对棉秆木质素降解效果最好，降解率能达到29.41％。基于以上结果，利用拮抗试验确定白腐真菌和嗜热性侧孢霉复配的可能性，试验结果表明两菌株未发生拮抗反应，在室温25℃下可以生长并共存。以温度、N含量、料水比、菌种为因素，设置L9(34)正交试验，通过测定样品纤维素、木质素和ADF含量，确定复合菌种降解棉秆的最优条件组合为温度45℃、N含量3％、料水比1/2，几种因素对棉秆降解效果的影响依次为N源＞菌种＞料水比＞温度。在40d时棉秆中的ADF含量由69.39％降低到58.66％以下，可降低至少107.35g/kg。 为了验证正交试验结果的可行性，设置了室内土培试验和大田试验。室内土培试验是与大田试验相同处理下的模拟试验，以观察人为环境条件和自然环境条件下棉秆降解效果的差异性。由于大田本身存在的不可控因素，以及常温范围内温度对棉杆降解效果的影响较小，室内土培以及大田试验仅选取菌种、N含量和料水比作为处理因素。试验证明，在最优条件处理下室内土培试验的棉秆还田率可达到44.78％，相比对照组提高了24.22％;而大田试验的棉秆还田率可达到29.93％，相比对照组提高了13.24％。大田实验与室内土培试验结果的差距说明自然环境条件下的棉秆降解受到天气变化、水分、土壤原驻菌等的影响是比较大的，在进一步研究中，可以以白腐真菌和嗜热性侧孢霉为基础建立一个系统稳定的复合菌群，使棉秆能以更快速度高效降解。在实际应用中也可以考虑改变施菌时间将客观因素对棉杆降解效果的影响降低到最少。